General Info

m = 84, n = 12600, n_c = 799

Scree Plots

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

RLE Plots

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

Cancor Plots

  Rows 1

  Columns 1

PC Plots

  Rows 1

  Columns 1

Alpha Plots

  Rows 1

  Columns 1

RUV-4 Combined Analyses

Top-ranked Count Plots

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Combined Diagnostic Plots

  Rows 1 2

  Columns 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34

K

Y

Y_c

projection

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

1

10

RUV-4 Individual Analyses

RUV-4 K = 1

RLE Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values (K = 1)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls) (K = 1)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 7 8 10 12 13	20 40 60 80 100 7 7 9 12 12	20 40 60 80 100 7 8 10 12 13	20 40 60 80 100 7 7 9 12 12	20 40 60 80 100 8 8 10 10 11

Top-ranked Genes (K = 1)

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 3e-29 4e-25 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 2e-17 1e-13 0.3 Y KDM5D 7630 3 2e-13 9e-10 0.76 Y DDX3Y 8410 4 7e-12 2e-08 -0.36 X XIST 8501 5 1e-09 3e-06 0.27 Y USP9Y 5916 6 5e-07 0.001 -0.13 11hbg NA 8641 7 1e-05 0.02 0.2 Y UTY 4494 8 2e-05 0.02 -0.083 X HDHD1A 7758 9 2e-05 0.03 -0.16 1 PDE4DIP 3370 10 6e-05 0.07 -0.091 8 MYOM2 7587 11 6e-05 0.07 -0.093 7 RAMP3 5176 12 8e-05 0.08 -0.71 11 HBB 2045 13 8e-05 0.08 -0.11 6 IER3 258 14 1e-04 0.1 -0.07 11 CAPN5 8560 15 1e-04 0.1 -0.085 2 INPP5D 792 16 1e-04 0.1 -0.15 17 PECAM1 7443 17 1e-04 0.1 -0.073 5 HBEGF 8089 18 1e-04 0.1 -0.06 21 POFUT2 4302 19 2e-04 0.1 -0.085 15 PML 12105 20 3e-04 0.2 -0.076 19 LIG1 405 21 3e-04 0.2 -0.068 5 P4HA2 4406 22 3e-04 0.2 -0.11 3 CRYBG3 11356 23 4e-04 0.2 -0.11 8 FDFT1 4869 24 4e-04 0.2 -0.057 17 PELP1 2452 25 4e-04 0.2 -0.11 1 TNFRSF1B 631 26 5e-04 0.2 -0.07 12 RAD52 10821 27 5e-04 0.2 -0.07 10 CXCL12 3845 28 6e-04 0.2 -0.079 1 MTMR11 251 29 6e-04 0.2 -0.091 21 IL10RB 3232 30 6e-04 0.2 -0.19 11 RELA 319 31 6e-04 0.2 -0.11 2 ARID5A 8332 32 6e-04 0.2 -0.092 10 FAM53B 10214 33 6e-04 0.2 -0.061 X STS 8086 34 6e-04 0.2 -0.1 2 MTHFD2 10144 35 6e-04 0.2 -0.066 1 RIT1 8386 36 7e-04 0.2 -0.086 1 GJA4 10763 37 7e-04 0.2 -0.15 18 DTNA 6503 38 8e-04 0.3 -0.091 3 HCLS1 1811 39 8e-04 0.3 -0.081 17 ERBB2 977 40 8e-04 0.3 -0.087 8 TNFRSF10B 4913	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-30 4e-26 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 2e-17 1e-13 0.3 Y KDM5D 7630 3 7e-14 3e-10 0.76 Y DDX3Y 8410 4 4e-12 1e-08 -0.36 X XIST 8501 5 1e-09 2e-06 0.27 Y USP9Y 5916 6 7e-07 0.002 -0.13 11hbg NA 8641 7 1e-05 0.02 0.2 Y UTY 4494 8 2e-05 0.03 -0.16 1 PDE4DIP 3370 9 4e-05 0.05 -0.083 X HDHD1A 7758 10 6e-05 0.07 -0.71 11 HBB 2045 11 1e-04 0.1 -0.091 8 MYOM2 7587 12 1e-04 0.1 -0.093 7 RAMP3 5176 13 1e-04 0.1 -0.11 6 IER3 258 14 1e-04 0.1 -0.15 17 PECAM1 7443 15 2e-04 0.2 -0.085 2 INPP5D 792 16 3e-04 0.2 -0.073 5 HBEGF 8089 17 3e-04 0.2 -0.07 11 CAPN5 8560 18 3e-04 0.2 -0.085 15 PML 12105 19 4e-04 0.3 -0.11 3 CRYBG3 11356 20 4e-04 0.3 -0.11 8 FDFT1 4869 21 4e-04 0.3 -0.06 21 POFUT2 4302 22 5e-04 0.3 -0.076 19 LIG1 405 23 5e-04 0.3 -0.19 11 RELA 319 24 5e-04 0.3 -0.11 1 TNFRSF1B 631 25 6e-04 0.3 -0.068 5 P4HA2 4406 26 6e-04 0.3 -0.11 2 ARID5A 8332 27 7e-04 0.3 -0.15 18 DTNA 6503 28 7e-04 0.3 -0.1 2 MTHFD2 10144 29 7e-04 0.3 -0.091 21 IL10RB 3232 30 7e-04 0.3 -0.092 10 FAM53B 10214 31 8e-04 0.3 -0.079 1 MTMR11 251 32 9e-04 0.3 -0.07 12 RAD52 10821 33 9e-04 0.3 -0.07 10 CXCL12 3845 34 9e-04 0.3 -0.086 1 GJA4 10763 35 9e-04 0.3 -0.091 3 HCLS1 1811 36 0.001 0.3 -0.087 8 TNFRSF10B 4913 37 0.001 0.3 -0.16 22 DDX17 11342 38 0.001 0.3 -0.64 16hba1 NA 1513 39 0.001 0.3 -0.2 6 CTGF 6677 40 0.001 0.3 -0.081 17 ERBB2 977	rank p BH beta chrom sym index 1 2e-30 3e-26 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 3e-18 2e-14 0.3 Y KDM5D 7630 3 4e-14 2e-10 0.76 Y DDX3Y 8410 4 2e-12 5e-09 -0.36 X XIST 8501 5 4e-10 9e-07 0.27 Y USP9Y 5916 6 2e-07 4e-04 -0.13 11hbg NA 8641 7 6e-06 0.01 0.2 Y UTY 4494 8 8e-06 0.01 -0.083 X HDHD1A 7758 9 1e-05 0.01 -0.16 1 PDE4DIP 3370 10 3e-05 0.04 -0.091 8 MYOM2 7587 11 3e-05 0.04 -0.093 7 RAMP3 5176 12 4e-05 0.04 -0.71 11 HBB 2045 13 4e-05 0.04 -0.11 6 IER3 258 14 7e-05 0.05 -0.07 11 CAPN5 8560 15 7e-05 0.05 -0.085 2 INPP5D 792 16 7e-05 0.05 -0.15 17 PECAM1 7443 17 7e-05 0.05 -0.073 5 HBEGF 8089 18 8e-05 0.06 -0.06 21 POFUT2 4302 19 1e-04 0.07 -0.085 15 PML 12105 20 2e-04 0.1 -0.076 19 LIG1 405 21 2e-04 0.1 -0.068 5 P4HA2 4406 22 2e-04 0.1 -0.11 3 CRYBG3 11356 23 2e-04 0.1 -0.11 8 FDFT1 4869 24 3e-04 0.1 -0.057 17 PELP1 2452 25 3e-04 0.1 -0.11 1 TNFRSF1B 631 26 3e-04 0.1 -0.07 12 RAD52 10821 27 3e-04 0.1 -0.07 10 CXCL12 3845 28 3e-04 0.1 -0.079 1 MTMR11 251 29 3e-04 0.1 -0.091 21 IL10RB 3232 30 3e-04 0.1 -0.19 11 RELA 319 31 4e-04 0.1 -0.11 2 ARID5A 8332 32 4e-04 0.1 -0.092 10 FAM53B 10214 33 4e-04 0.1 -0.061 X STS 8086 34 4e-04 0.1 -0.1 2 MTHFD2 10144 35 4e-04 0.1 -0.066 1 RIT1 8386 36 5e-04 0.2 -0.086 1 GJA4 10763 37 5e-04 0.2 -0.15 18 DTNA 6503 38 5e-04 0.2 -0.091 3 HCLS1 1811 39 5e-04 0.2 -0.081 17 ERBB2 977 40 5e-04 0.2 -0.087 8 TNFRSF10B 4913	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-31 3e-27 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 3e-18 2e-14 0.3 Y KDM5D 7630 3 2e-14 7e-11 0.76 Y DDX3Y 8410 4 9e-13 3e-09 -0.36 X XIST 8501 5 3e-10 7e-07 0.27 Y USP9Y 5916 6 3e-07 7e-04 -0.13 11hbg NA 8641 7 6e-06 0.01 0.2 Y UTY 4494 8 1e-05 0.02 -0.16 1 PDE4DIP 3370 9 2e-05 0.03 -0.083 X HDHD1A 7758 10 3e-05 0.04 -0.71 11 HBB 2045 11 5e-05 0.05 -0.091 8 MYOM2 7587 12 6e-05 0.05 -0.093 7 RAMP3 5176 13 6e-05 0.05 -0.11 6 IER3 258 14 7e-05 0.07 -0.15 17 PECAM1 7443 15 1e-04 0.1 -0.085 2 INPP5D 792 16 2e-04 0.1 -0.073 5 HBEGF 8089 17 2e-04 0.1 -0.07 11 CAPN5 8560 18 2e-04 0.1 -0.085 15 PML 12105 19 2e-04 0.2 -0.11 3 CRYBG3 11356 20 2e-04 0.2 -0.11 8 FDFT1 4869 21 3e-04 0.2 -0.06 21 POFUT2 4302 22 3e-04 0.2 -0.076 19 LIG1 405 23 3e-04 0.2 -0.19 11 RELA 319 24 3e-04 0.2 -0.11 1 TNFRSF1B 631 25 4e-04 0.2 -0.068 5 P4HA2 4406 26 4e-04 0.2 -0.11 2 ARID5A 8332 27 4e-04 0.2 -0.15 18 DTNA 6503 28 4e-04 0.2 -0.1 2 MTHFD2 10144 29 4e-04 0.2 -0.091 21 IL10RB 3232 30 5e-04 0.2 -0.092 10 FAM53B 10214 31 5e-04 0.2 -0.079 1 MTMR11 251 32 6e-04 0.2 -0.07 12 RAD52 10821 33 6e-04 0.2 -0.07 10 CXCL12 3845 34 6e-04 0.2 -0.086 1 GJA4 10763 35 6e-04 0.2 -0.091 3 HCLS1 1811 36 7e-04 0.2 -0.087 8 TNFRSF10B 4913 37 7e-04 0.2 -0.16 22 DDX17 11342 38 7e-04 0.2 -0.64 16hba1 NA 1513 39 7e-04 0.2 -0.2 6 CTGF 6677 40 7e-04 0.2 -0.081 17 ERBB2 977	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-119 4e-115 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 2e-34 2e-30 0.76 Y DDX3Y 8410 3 3e-13 1e-09 -0.36 X XIST 8501 4 1e-10 4e-07 0.3 Y KDM5D 7630 5 3e-08 8e-05 0.27 Y USP9Y 5916 6 9e-08 2e-04 -0.71 11 HBB 2045 7 1e-06 0.003 -0.24 11 IFITM1 12214 8 3e-06 0.005 -0.64 16hba1 NA 1513 9 9e-06 0.01 -0.61 11 HBB 1676 10 4e-05 0.05 -0.2 6 CTGF 6677 11 4e-05 0.05 -0.2 20 TGM2 8459 12 6e-05 0.07 0.2 Y UTY 4494 13 2e-04 0.2 -0.19 11 RELA 319 14 3e-04 0.2 0.23 X Y SLC25A6 10509 15 4e-04 0.3 0.33 19 CIRBP 9932 16 5e-04 0.4 -0.17 14 NFKBIA 498 17 9e-04 0.6 -0.16 X TIMP1 752 18 9e-04 0.6 -0.16 2 CYP1B1 10141 19 9e-04 0.6 -0.16 6 HLA-F 7466 20 0.001 0.8 -0.16 11 ZBTB16 9748 21 0.001 0.8 -0.16 1 PDE4DIP 3370 22 0.001 0.8 -0.2 10 C10orf10 9176 23 0.001 0.8 -0.16 22 DDX17 11342 24 0.002 0.8 -0.15 11 CD59 9232 25 0.002 0.8 -0.22 20 ID1 6656 26 0.002 0.8 -0.22 8 CEBPD 58 27 0.002 0.8 0.28 2 GAD1 7226 28 0.003 0.8 -0.15 11 SERPING1 9843 29 0.003 0.8 -0.13 11hbg NA 8641 30 0.003 0.8 -0.15 17 PECAM1 7443 31 0.003 0.8 -0.15 18 DTNA 6503 32 0.003 0.8 -0.15 1 MCL1 1257 33 0.003 0.8 -0.14 14 AP1G2 8856 34 0.003 0.8 -0.14 2 IGFBP5 735 35 0.004 0.8 0.18 6 RPL10A 6826 36 0.004 0.8 -0.14 6 HLA-E 2317 37 0.004 0.8 -0.14 4 HMGB2 8117 38 0.004 0.8 -0.18 22 CLDN5 9055 39 0.004 0.8 -0.14 12 SLC2A3 7020 40 0.004 0.8 -0.21 19 ZFP36 10522

RUV-4 K = 10

RLE Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values (K = 10)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls) (K = 10)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 16 21 21 23 25	20 40 60 80 100 17 21 21 23 24	20 40 60 80 100 16 21 21 23 25	20 40 60 80 100 17 21 21 23 24	20 40 60 80 100 16 21 22 25 26

Top-ranked Genes (K = 10)

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 5e-32 6e-28 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 7e-24 5e-20 0.35 Y KDM5D 7630 3 3e-17 1e-13 0.79 Y DDX3Y 8410 4 9e-15 3e-11 -0.31 X XIST 8501 5 6e-14 1e-10 0.2 X Y CD99 11219 6 6e-14 1e-10 0.14 Y TTTY15 6357 7 3e-13 5e-10 0.25 Y UTY 4494 8 6e-13 9e-10 0.31 Y USP9Y 5916 9 8e-11 1e-07 0.12 Y CYorf15B 8235 10 2e-09 2e-06 0.19 X NA 6403 11 4e-09 5e-06 0.1 Y EIF1AY 10167 12 6e-09 6e-06 0.098 Y NLGN4Y 2932 13 1e-08 1e-05 0.095 X NA 12506 14 4e-07 3e-04 -0.11 X DDX3X 9812 15 1e-06 0.001 0.18 X Y SLC25A6 10509 16 2e-06 0.001 -0.091 1 FDPS 7370 17 2e-06 0.001 0.15 21 SH3BGR 6073 18 3e-06 0.002 0.14 X Y SLC25A6 10510 19 3e-06 0.002 -0.084 11hbg NA 8641 20 4e-06 0.002 -0.66 11 HBB 2045 21 4e-06 0.002 -0.15 X RPS4X 4662 22 5e-06 0.003 0.084 19 TNNT1 6147 23 7e-06 0.004 0.11 3 RAB5A 6144 24 8e-06 0.004 0.089 X Y ASMTL 6591 25 8e-06 0.004 0.23 5 SLC1A3 6648 26 9e-06 0.004 -0.64 16hba1 NA 1513 27 9e-06 0.004 -0.062 X HDHD1A 7758 28 9e-06 0.004 -0.1 3 ABCC5 1012 29 1e-05 0.005 0.092 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2e-09 3e-06 0.25 Y UTY 4494 8 3e-09 5e-06 0.31 Y USP9Y 5916 9 1e-07 2e-04 0.12 Y CYorf15B 8235 10 1e-06 0.001 0.19 X NA 6403 11 2e-06 0.003 0.1 Y EIF1AY 10167 12 3e-06 0.003 0.098 Y NLGN4Y 2932 13 5e-06 0.005 0.095 X NA 12506 14 5e-05 0.04 -0.11 X DDX3X 9812 15 1e-04 0.1 0.18 X Y SLC25A6 10509 16 1e-04 0.1 -0.091 1 FDPS 7370 17 1e-04 0.1 0.15 21 SH3BGR 6073 18 2e-04 0.1 0.14 X Y SLC25A6 10510 19 2e-04 0.1 -0.084 11hbg NA 8641 20 2e-04 0.1 -0.66 11 HBB 2045 21 2e-04 0.1 -0.15 X RPS4X 4662 22 3e-04 0.2 0.084 19 TNNT1 6147 23 4e-04 0.2 0.11 3 RAB5A 6144 24 4e-04 0.2 0.089 X Y ASMTL 6591 25 4e-04 0.2 0.23 5 SLC1A3 6648 26 4e-04 0.2 -0.64 16hba1 NA 1513 27 4e-04 0.2 -0.062 X HDHD1A 7758 28 4e-04 0.2 -0.1 3 ABCC5 1012 29 5e-04 0.2 0.092 X Y GTPBP6 11189 30 6e-04 0.2 0.11 6 CD24 1246 31 6e-04 0.3 0.051 1 HS2ST1 10585 32 7e-04 0.3 0.093 2 NTSR2 3014 33 7e-04 0.3 0.056 3 KCNAB1 2711 34 7e-04 0.3 0.13 2 NCL 2588 35 8e-04 0.3 -0.14 11 IFITM1 12214 36 0.001 0.3 0.069 Y PRKY 10100 37 0.001 0.3 0.15 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4e-04 0.2 -0.1 3 ABCC5 1012 28 5e-04 0.2 0.11 6 CD24 1246 29 5e-04 0.2 0.092 X Y GTPBP6 11189 30 6e-04 0.2 -0.062 X HDHD1A 7758 31 6e-04 0.3 0.13 2 NCL 2588 32 7e-04 0.3 0.093 2 NTSR2 3014 33 7e-04 0.3 -0.14 11 IFITM1 12214 34 8e-04 0.3 0.15 7 PTPRZ1 392 35 9e-04 0.3 0.17 3 RHOA 7354 36 9e-04 0.3 -0.11 7 POLD2 508 37 0.001 0.3 0.26 19 APOE 12147 38 0.001 0.3 0.056 3 KCNAB1 2711 39 0.001 0.3 0.051 1 HS2ST1 10585 40 0.001 0.4 0.069 Y PRKY 10100	rank p BH beta chrom sym index 1 2e-34 2e-30 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 1e-29 8e-26 0.35 Y KDM5D 7630 3 8e-16 3e-12 0.2 X Y CD99 11219 4 5e-15 2e-11 0.14 Y TTTY15 6357 5 6e-12 1e-08 0.79 Y DDX3Y 8410 6 6e-11 1e-07 0.12 Y CYorf15B 8235 7 6e-10 1e-06 0.31 Y USP9Y 5916 8 1e-09 2e-06 0.25 Y UTY 4494 9 1e-09 2e-06 -0.31 X XIST 8501 10 3e-09 3e-06 0.098 Y NLGN4Y 2932 11 9e-09 1e-05 0.095 X NA 12506 12 2e-08 2e-05 0.1 Y EIF1AY 10167 13 4e-06 0.004 0.19 X NA 6403 14 6e-06 0.005 -0.091 1 FDPS 7370 15 2e-05 0.01 -0.11 X DDX3X 9812 16 2e-05 0.02 0.084 19 TNNT1 6147 17 2e-05 0.02 -0.084 11hbg NA 8641 18 2e-05 0.02 0.089 X Y ASMTL 6591 19 7e-05 0.05 -0.1 3 ABCC5 1012 20 8e-05 0.05 -0.062 X HDHD1A 7758 21 1e-04 0.07 0.064 6 CRISP3 6501 22 1e-04 0.08 0.069 Y PRKY 10100 23 2e-04 0.1 0.079 4 RCHY1 6079 24 3e-04 0.1 0.092 X Y GTPBP6 11189 25 3e-04 0.1 0.093 2 NTSR2 3014 26 3e-04 0.1 0.11 6 CD24 1246 27 3e-04 0.1 0.18 X Y SLC25A6 10509 28 3e-04 0.1 0.075 2 SH3YL1 3906 29 3e-04 0.1 -0.15 X RPS4X 4662 30 4e-04 0.1 0.056 3 KCNAB1 2711 31 4e-04 0.1 0.11 3 RAB5A 6144 32 4e-04 0.2 0.15 21 SH3BGR 6073 33 4e-04 0.2 -0.11 7 POLD2 508 34 6e-04 0.2 0.057 3 NCBP2 2790 35 6e-04 0.2 0.051 1 HS2ST1 10585 36 6e-04 0.2 0.14 X Y SLC25A6 10510 37 7e-04 0.2 0.063 22gg* NA 12254 38 7e-04 0.2 0.056 16 CREBBP 3842 39 7e-04 0.2 0.067 19 AXL 8488 40 9e-04 0.3 0.053 7 PION 11796

Projection Plot Table

Factor Projection Plots

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

1	2	3	4	5