General Info

m = 84, n = 12600, n_c = 799

Scree Plots

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

RLE Plots

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

Cancor Plots

  Rows 1

  Columns 1

PC Plots

  Rows 1

  Columns 1

Alpha Plots

  Rows 1

  Columns 1

Unadjusted

RLE Plots

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 7 7 7 8 10	20 40 60 80 100 6 7 7 7 11	20 40 60 80 100 7 7 7 8 10	20 40 60 80 100 6 7 7 7 11	20 40 60 80 100 7 7 9 10 10

Top-ranked Genes

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 0.001 1 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 0.02 1 0.82 Y DDX3Y 8410 3 0.07 1 -0.66 11 HBB 2045 4 0.1 1 -0.58 16hba1 NA 1513 5 0.2 1 -0.55 11 HBB 1676 6 0.3 1 0.38 19 CIRBP 9932 7 0.3 1 0.36 Y KDM5D 7630 8 0.4 1 0.33 Y USP9Y 5916 9 0.4 1 0.34 2 GAD1 7226 10 0.4 1 0.28 X Y SLC25A6 10509 11 0.4 1 0.35 12 GAPDH 12563 12 0.4 1 -0.3 X XIST 8501 13 0.4 1 0.32 16 CRYM 8339 14 0.4 1 0.29 3 PFN2 8898 15 0.5 1 0.23 14 RPL36AL 9924 16 0.5 1 0.26 Y UTY 4494 17 0.5 1 0.21 4 SLC25A4 2823 18 0.5 1 0.21 NA NA 3856 19 0.5 1 0.23 6 FBXO9 9050 20 0.5 1 0.26 20 SNAP25 8539 21 0.5 1 0.22 2 RPL31 3685 22 0.5 1 0.3 7 ACTB 12559 23 0.5 1 0.24 3 RHOA 7354 24 0.5 1 0.25 5 RPS23 4820 25 0.5 1 0.3 14 CALM1 11225 26 0.5 1 0.24 6 RPL10A 6826 27 0.5 1 -0.26 4 SPP1 4358 28 0.5 1 -0.25 17 GFAP 10256 29 0.5 1 0.23 12 UBC 395 30 0.5 1 0.23 20 CHGB 3433 31 0.5 1 0.27 3 GAP43 7763 32 0.5 1 0.25 20 RPS21 2744 33 0.5 1 0.24 1 NMNAT2 2083 34 0.5 1 0.23 14 CALM1 11369 35 0.5 1 0.23 12 UBC 2330 36 0.5 1 0.24 12 RAN 912 37 0.5 1 0.28 17 PRKAR1A 1207 38 0.5 1 0.22 7 CYCS 5849 39 0.5 1 0.23 12 ATP2A2 9858 40 0.5 1 0.28 12 GAPDH 12565	rank p BH beta chrom sym index 1 6e-04 1 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 0.02 1 0.82 Y DDX3Y 8410 3 0.06 1 -0.66 11 HBB 2045 4 0.1 1 -0.58 16hba1 NA 1513 5 0.1 1 -0.55 11 HBB 1676 6 0.3 1 0.38 19 CIRBP 9932 7 0.3 1 0.36 Y KDM5D 7630 8 0.3 1 0.35 12 GAPDH 12563 9 0.3 1 0.34 2 GAD1 7226 10 0.3 1 0.33 Y USP9Y 5916 11 0.4 1 0.32 16 CRYM 8339 12 0.4 1 -0.3 X XIST 8501 13 0.4 1 0.3 14 CALM1 11225 14 0.4 1 0.3 7 ACTB 12559 15 0.4 1 0.29 3 PFN2 8898 16 0.4 1 0.28 17 PRKAR1A 1207 17 0.4 1 0.28 7 ACTB 12557 18 0.4 1 0.28 X Y SLC25A6 10509 19 0.4 1 0.28 12 GAPDH 12565 20 0.4 1 0.28 20 GNAS 7496 21 0.4 1 0.27 3 GAP43 7763 22 0.5 1 0.26 20 GNAS 7495 23 0.5 1 -0.26 4 SPP1 4358 24 0.5 1 0.26 20 SNAP25 8539 25 0.5 1 0.26 Y UTY 4494 26 0.5 1 0.25 19 SLC17A7 6605 27 0.5 1 0.25 5 RPS23 4820 28 0.5 1 0.25 20 RPS21 2744 29 0.5 1 0.25 6 HSP90AB1 178 30 0.5 1 0.25 18 ATP5A1 10166 31 0.5 1 -0.25 17 GFAP 10256 32 0.5 1 0.24 3 RHOA 7354 33 0.5 1 0.24 8 YWHAZ 256 34 0.5 1 0.24 6 RPL10A 6826 35 0.5 1 0.24 13 DCLK1 9017 36 0.5 1 0.24 12 RAN 912 37 0.5 1 0.24 1 NMNAT2 2083 38 0.5 1 0.23 12 UBC 395 39 0.5 1 0.23 22 ATXN10 9752 40 0.5 1 0.23 12 ATP2A2 9858	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-24 3e-20 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 3e-16 2e-12 0.82 Y DDX3Y 8410 3 6e-12 2e-08 -0.66 11 HBB 2045 4 1e-09 4e-06 -0.58 16hba1 NA 1513 5 2e-08 6e-05 -0.55 11 HBB 1676 6 1e-05 0.03 0.38 19 CIRBP 9932 7 2e-05 0.04 0.36 Y KDM5D 7630 8 2e-04 0.2 0.33 Y USP9Y 5916 9 3e-04 0.4 0.34 2 GAD1 7226 10 4e-04 0.6 0.28 X Y SLC25A6 10509 11 5e-04 0.6 0.35 12 GAPDH 12563 12 5e-04 0.6 -0.3 X XIST 8501 13 7e-04 0.7 0.32 16 CRYM 8339 14 0.001 1 0.29 3 PFN2 8898 15 0.002 1 0.23 14 RPL36AL 9924 16 0.002 1 0.26 Y UTY 4494 17 0.002 1 0.21 4 SLC25A4 2823 18 0.003 1 0.21 NA NA 3856 19 0.003 1 0.23 6 FBXO9 9050 20 0.003 1 0.26 20 SNAP25 8539 21 0.003 1 0.22 2 RPL31 3685 22 0.003 1 0.3 7 ACTB 12559 23 0.004 1 0.24 3 RHOA 7354 24 0.004 1 0.25 5 RPS23 4820 25 0.004 1 0.3 14 CALM1 11225 26 0.004 1 0.24 6 RPL10A 6826 27 0.004 1 -0.26 4 SPP1 4358 28 0.004 1 -0.25 17 GFAP 10256 29 0.005 1 0.23 12 UBC 395 30 0.005 1 0.23 20 CHGB 3433 31 0.005 1 0.27 3 GAP43 7763 32 0.006 1 0.25 20 RPS21 2744 33 0.006 1 0.24 1 NMNAT2 2083 34 0.006 1 0.23 14 CALM1 11369 35 0.006 1 0.23 12 UBC 2330 36 0.006 1 0.24 12 RAN 912 37 0.007 1 0.28 17 PRKAR1A 1207 38 0.007 1 0.22 7 CYCS 5849 39 0.007 1 0.23 12 ATP2A2 9858 40 0.008 1 0.28 12 GAPDH 12565	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-45 1e-41 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 9e-22 6e-18 0.82 Y DDX3Y 8410 3 1e-14 5e-11 -0.66 11 HBB 2045 4 6e-12 2e-08 -0.58 16hba1 NA 1513 5 7e-11 2e-07 -0.55 11 HBB 1676 6 8e-06 0.02 0.38 19 CIRBP 9932 7 2e-05 0.04 0.36 Y KDM5D 7630 8 5e-05 0.07 0.35 12 GAPDH 12563 9 7e-05 0.1 0.34 2 GAD1 7226 10 9e-05 0.1 0.33 Y USP9Y 5916 11 1e-04 0.2 0.32 16 CRYM 8339 12 4e-04 0.4 -0.3 X XIST 8501 13 5e-04 0.4 0.3 14 CALM1 11225 14 5e-04 0.4 0.3 7 ACTB 12559 15 7e-04 0.6 0.29 3 PFN2 8898 16 9e-04 0.6 0.28 17 PRKAR1A 1207 17 0.001 0.6 0.28 7 ACTB 12557 18 0.001 0.6 0.28 X Y SLC25A6 10509 19 0.001 0.6 0.28 12 GAPDH 12565 20 0.001 0.7 0.28 20 GNAS 7496 21 0.001 0.8 0.27 3 GAP43 7763 22 0.002 1 0.26 20 GNAS 7495 23 0.002 1 -0.26 4 SPP1 4358 24 0.002 1 0.26 20 SNAP25 8539 25 0.003 1 0.26 Y UTY 4494 26 0.003 1 0.25 19 SLC17A7 6605 27 0.003 1 0.25 5 RPS23 4820 28 0.004 1 0.25 20 RPS21 2744 29 0.004 1 0.25 6 HSP90AB1 178 30 0.004 1 0.25 18 ATP5A1 10166 31 0.004 1 -0.25 17 GFAP 10256 32 0.004 1 0.24 3 RHOA 7354 33 0.005 1 0.24 8 YWHAZ 256 34 0.005 1 0.24 6 RPL10A 6826 35 0.005 1 0.24 13 DCLK1 9017 36 0.005 1 0.24 12 RAN 912 37 0.006 1 0.24 1 NMNAT2 2083 38 0.006 1 0.23 12 UBC 395 39 0.006 1 0.23 22 ATXN10 9752 40 0.006 1 0.23 12 ATP2A2 9858	rank p BH beta chrom sym index 1 5e-276 6e-272 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 8e-128 5e-124 0.82 Y DDX3Y 8410 3 1e-83 4e-80 -0.66 11 HBB 2045 4 3e-29 9e-26 0.38 19 CIRBP 9932 5 2e-26 5e-23 0.36 Y KDM5D 7630 6 3e-25 6e-22 -0.58 16hba1 NA 1513 7 6e-21 1e-17 0.33 Y USP9Y 5916 8 7e-19 1e-15 -0.3 X XIST 8501 9 1e-16 2e-13 0.28 X Y SLC25A6 10509 10 5e-14 6e-11 0.26 Y UTY 4494 11 3e-13 3e-10 0.26 20 SNAP25 8539 12 5e-13 5e-10 -0.25 17 GFAP 10256 13 7e-13 7e-10 0.24 3 RHOA 7354 14 2e-12 2e-09 0.25 5 RPS23 4820 15 2e-12 2e-09 0.24 6 RPL10A 6826 16 3e-12 3e-09 0.24 1 NMNAT2 2083 17 4e-12 3e-09 0.23 12 UBC 395 18 6e-12 4e-09 0.23 12 UBC 2330 19 1e-11 9e-09 0.23 20 CHGB 3433 20 1e-11 9e-09 0.23 14 RPL36AL 9924 21 2e-11 1e-08 0.23 6 FBXO9 9050 22 3e-11 2e-08 0.23 14 CALM1 11369 23 5e-11 3e-08 0.22 2 RPL31 3685 24 6e-11 3e-08 0.22 7 CYCS 5849 25 1e-10 6e-08 0.22 NA NA 1450 26 3e-10 1e-07 0.21 1 GABRD 5121 27 4e-10 2e-07 0.21 NA NA 3856 28 5e-10 2e-07 0.21 2 NCL 2588 29 7e-10 3e-07 0.21 4 SLC25A4 2823 30 7e-10 3e-07 -0.55 11 HBB 1676 31 4e-09 1e-06 0.2 17 ATP5H 5790 32 6e-09 3e-06 0.2 2 ATP5G3 4832 33 8e-09 3e-06 0.2 NA NA 11297 34 9e-09 3e-06 0.19 19 GPX4 3943 35 1e-08 4e-06 0.19 10 ATP5C1 10186 36 2e-08 8e-06 0.19 19 CA11 4292 37 3e-08 1e-05 0.19 6 EEF1A1 10965 38 3e-08 1e-05 0.19 12 HNRNPA1 10283 39 4e-08 1e-05 0.19 6 ATP6V1G2 3036 40 5e-08 1e-05 0.19 5 HINT1 10

RUV-2 Combined Analyses

Top-ranked Count Plots

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Combined Diagnostic Plots

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34

K

Y

Y_c

projection

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

1

5

10

RUV-2 Individual Analyses

RUV-2 K = 1

RLE Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values (K = 1)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls) (K = 1)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 6 9 9 10 13	20 40 60 80 100 6 9 9 10 12	20 40 60 80 100 6 9 9 10 13	20 40 60 80 100 6 9 9 10 12	20 40 60 80 100 7 7 9 9 11

Top-ranked Genes (K = 1)

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 1e-27 1e-23 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 5e-11 3e-07 0.76 Y DDX3Y 8410 3 1e-06 0.006 0.3 Y KDM5D 7630 4 3e-05 0.08 -0.36 X XIST 8501 5 3e-05 0.08 -0.71 11 HBB 2045 6 2e-04 0.5 -0.24 11 IFITM1 12214 7 3e-04 0.5 0.27 Y USP9Y 5916 8 9e-04 0.9 -0.64 16hba1 NA 1513 9 9e-04 0.9 -0.078 7 IMPDH1 10771 10 0.001 0.9 0.32 19 CIRBP 9932 11 0.001 0.9 -0.11 21 IFNGR2 11221 12 0.001 0.9 -0.12 3 ABCC5 1012 13 0.002 0.9 -0.61 11 HBB 1676 14 0.002 0.9 -0.1 19 SNRPA 10920 15 0.002 0.9 0.23 X Y SLC25A6 10509 16 0.002 0.9 0.15 16nomo1 NA 3421 17 0.002 0.9 -0.095 3 GPX1 7075 18 0.004 0.9 -0.15 11 CD59 9232 19 0.004 0.9 -0.087 6 PPARD 7195 20 0.004 0.9 -0.07 19 C19orf50 9879 21 0.004 0.9 0.089 X Y ASMTL 6591 22 0.004 0.9 -0.12 7 POLD2 508 23 0.005 0.9 -0.19 11 RELA 319 24 0.006 0.9 0.18 14 RPL36AL 9924 25 0.006 0.9 0.18 6 RPL10A 6826 26 0.006 0.9 -0.2 6 CTGF 6677 27 0.007 0.9 -0.082 1 FDPS 7370 28 0.007 0.9 -0.1 17 COASY 6161 29 0.008 0.9 -0.16 1 PDE4DIP 3370 30 0.009 0.9 0.26 16 CRYM 8339 31 0.009 0.9 -0.22 20 ID1 6656 32 0.009 0.9 -0.15 11 SERPING1 9843 33 0.009 0.9 -0.12 1 SHC1 8171 34 0.01 0.9 -0.12 1 KLHL21 7274 35 0.01 0.9 -0.094 19 SGTA 2817 36 0.01 0.9 -0.14 6 HLA-E 2317 37 0.01 0.9 0.2 Y UTY 4494 38 0.01 0.9 -0.13 19 DNAJB1 12291 39 0.01 0.9 0.13 X Y CD99 11219 40 0.01 0.9 -0.2 20 TGM2 8459	rank p BH beta chrom sym index 1 4e-29 5e-25 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 1e-11 8e-08 0.76 Y DDX3Y 8410 3 1e-06 0.005 0.3 Y KDM5D 7630 4 1e-05 0.04 -0.71 11 HBB 2045 5 2e-05 0.05 -0.36 X XIST 8501 6 2e-04 0.4 0.27 Y USP9Y 5916 7 2e-04 0.4 -0.24 11 IFITM1 12214 8 5e-04 0.9 -0.64 16hba1 NA 1513 9 7e-04 0.9 0.32 19 CIRBP 9932 10 0.001 0.9 -0.61 11 HBB 1676 11 0.002 0.9 0.23 X Y SLC25A6 10509 12 0.002 0.9 -0.12 3 ABCC5 1012 13 0.003 0.9 0.15 16nomo1 NA 3421 14 0.003 0.9 -0.11 21 IFNGR2 11221 15 0.004 0.9 -0.15 11 CD59 9232 16 0.005 0.9 -0.19 11 RELA 319 17 0.005 0.9 -0.1 19 SNRPA 10920 18 0.006 0.9 0.18 14 RPL36AL 9924 19 0.006 0.9 0.18 6 RPL10A 6826 20 0.006 0.9 -0.2 6 CTGF 6677 21 0.007 0.9 -0.12 7 POLD2 508 22 0.007 0.9 -0.095 3 GPX1 7075 23 0.007 0.9 0.26 16 CRYM 8339 24 0.007 0.9 -0.078 7 IMPDH1 10771 25 0.007 0.9 -0.22 20 ID1 6656 26 0.008 0.9 -0.16 1 PDE4DIP 3370 27 0.01 0.9 -0.15 11 SERPING1 9843 28 0.01 0.9 0.089 X Y ASMTL 6591 29 0.01 0.9 -0.087 6 PPARD 7195 30 0.01 0.9 -0.12 1 SHC1 8171 31 0.01 0.9 0.2 Y UTY 4494 32 0.01 0.9 -0.1 17 COASY 6161 33 0.01 0.9 -0.2 20 TGM2 8459 34 0.01 0.9 -0.14 6 HLA-E 2317 35 0.01 0.9 -0.12 1 KLHL21 7274 36 0.01 0.9 -0.16 11 ZBTB16 9748 37 0.02 0.9 -0.13 19 DNAJB1 12291 38 0.02 0.9 0.13 X Y CD99 11219 39 0.02 0.9 0.28 2 GAD1 7226 40 0.02 0.9 -0.082 1 FDPS 7370	rank p BH beta chrom sym index 1 2e-29 2e-25 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 5e-12 3e-08 0.76 Y DDX3Y 8410 3 3e-07 0.001 0.3 Y KDM5D 7630 4 9e-06 0.02 -0.36 X XIST 8501 5 1e-05 0.02 -0.71 11 HBB 2045 6 1e-04 0.2 -0.24 11 IFITM1 12214 7 1e-04 0.2 0.27 Y USP9Y 5916 8 4e-04 0.6 -0.64 16hba1 NA 1513 9 4e-04 0.6 -0.078 7 IMPDH1 10771 10 5e-04 0.6 0.32 19 CIRBP 9932 11 5e-04 0.6 -0.11 21 IFNGR2 11221 12 6e-04 0.6 -0.12 3 ABCC5 1012 13 9e-04 0.8 -0.61 11 HBB 1676 14 9e-04 0.8 -0.1 19 SNRPA 10920 15 0.001 0.9 0.23 X Y SLC25A6 10509 16 0.001 0.9 0.15 16nomo1 NA 3421 17 0.001 0.9 -0.095 3 GPX1 7075 18 0.002 0.9 -0.15 11 CD59 9232 19 0.002 0.9 -0.087 6 PPARD 7195 20 0.002 0.9 -0.07 19 C19orf50 9879 21 0.002 0.9 0.089 X Y ASMTL 6591 22 0.002 0.9 -0.12 7 POLD2 508 23 0.003 0.9 -0.19 11 RELA 319 24 0.003 0.9 0.18 14 RPL36AL 9924 25 0.003 0.9 0.18 6 RPL10A 6826 26 0.004 0.9 -0.2 6 CTGF 6677 27 0.004 0.9 -0.082 1 FDPS 7370 28 0.004 0.9 -0.1 17 COASY 6161 29 0.005 0.9 -0.16 1 PDE4DIP 3370 30 0.005 0.9 0.26 16 CRYM 8339 31 0.005 0.9 -0.22 20 ID1 6656 32 0.006 0.9 -0.15 11 SERPING1 9843 33 0.006 0.9 -0.12 1 SHC1 8171 34 0.007 0.9 -0.12 1 KLHL21 7274 35 0.007 0.9 -0.094 19 SGTA 2817 36 0.007 0.9 -0.14 6 HLA-E 2317 37 0.008 0.9 0.2 Y UTY 4494 38 0.009 0.9 -0.13 19 DNAJB1 12291 39 0.009 0.9 0.13 X Y CD99 11219 40 0.009 0.9 -0.2 20 TGM2 8459	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-31 1e-27 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 4e-13 3e-09 0.76 Y DDX3Y 8410 3 2e-07 7e-04 0.3 Y KDM5D 7630 4 3e-06 0.008 -0.71 11 HBB 2045 5 4e-06 0.009 -0.36 X XIST 8501 6 6e-05 0.1 0.27 Y USP9Y 5916 7 6e-05 0.1 -0.24 11 IFITM1 12214 8 2e-04 0.3 -0.64 16hba1 NA 1513 9 3e-04 0.4 0.32 19 CIRBP 9932 10 4e-04 0.5 -0.61 11 HBB 1676 11 7e-04 0.8 0.23 X Y SLC25A6 10509 12 0.001 0.9 -0.12 3 ABCC5 1012 13 0.001 0.9 0.15 16nomo1 NA 3421 14 0.001 0.9 -0.11 21 IFNGR2 11221 15 0.002 0.9 -0.15 11 CD59 9232 16 0.002 0.9 -0.19 11 RELA 319 17 0.002 0.9 -0.1 19 SNRPA 10920 18 0.003 0.9 0.18 14 RPL36AL 9924 19 0.003 0.9 0.18 6 RPL10A 6826 20 0.003 0.9 -0.2 6 CTGF 6677 21 0.003 0.9 -0.12 7 POLD2 508 22 0.003 0.9 -0.095 3 GPX1 7075 23 0.003 0.9 0.26 16 CRYM 8339 24 0.003 0.9 -0.078 7 IMPDH1 10771 25 0.004 0.9 -0.22 20 ID1 6656 26 0.004 0.9 -0.16 1 PDE4DIP 3370 27 0.005 0.9 -0.15 11 SERPING1 9843 28 0.006 0.9 0.089 X Y ASMTL 6591 29 0.006 0.9 -0.087 6 PPARD 7195 30 0.006 0.9 -0.12 1 SHC1 8171 31 0.006 0.9 0.2 Y UTY 4494 32 0.006 0.9 -0.1 17 COASY 6161 33 0.006 0.9 -0.2 20 TGM2 8459 34 0.007 0.9 -0.14 6 HLA-E 2317 35 0.007 0.9 -0.12 1 KLHL21 7274 36 0.008 0.9 -0.16 11 ZBTB16 9748 37 0.008 0.9 -0.13 19 DNAJB1 12291 38 0.009 0.9 0.13 X Y CD99 11219 39 0.009 0.9 0.28 2 GAD1 7226 40 0.009 0.9 -0.082 1 FDPS 7370	rank p BH beta chrom sym index 1 2e-124 2e-120 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 8e-31 5e-27 0.76 Y DDX3Y 8410 3 2e-11 7e-08 -0.36 X XIST 8501 4 2e-11 7e-08 0.3 Y KDM5D 7630 5 5e-09 1e-05 -0.71 11 HBB 2045 6 6e-08 1e-04 0.27 Y USP9Y 5916 7 7e-08 1e-04 0.32 19 CIRBP 9932 8 2e-07 3e-04 -0.24 11 IFITM1 12214 9 7e-06 0.01 0.23 X Y SLC25A6 10509 10 6e-05 0.07 -0.22 20 ID1 6656 11 6e-05 0.07 -0.2 6 CTGF 6677 12 8e-05 0.09 0.26 16 CRYM 8339 13 1e-04 0.1 -0.19 11 RELA 319 14 1e-04 0.1 0.18 14 RPL36AL 9924 15 2e-04 0.1 -0.2 20 TGM2 8459 16 2e-04 0.1 0.18 6 RPL10A 6826 17 2e-04 0.1 0.2 Y UTY 4494 18 2e-04 0.1 0.15 16nomo1 NA 3421 19 5e-04 0.3 0.19 20 RPS21 2744 20 5e-04 0.3 -0.15 11 CD59 9232 21 5e-04 0.3 -0.16 1 PDE4DIP 3370 22 5e-04 0.3 0.19 5 RPS23 4820 23 6e-04 0.3 -0.17 12 ITGA7 6933 24 8e-04 0.4 0.18 12 RAN 912 25 9e-04 0.4 0.18 18 ATP5A1 10166 26 9e-04 0.4 -0.16 11 ZBTB16 9748 27 0.001 0.5 -0.15 11 SERPING1 9843 28 0.001 0.5 -0.18 22 CLDN5 9055 29 0.001 0.5 -0.12 3 ABCC5 1012 30 0.001 0.5 0.17 22 ATXN10 9752 31 0.001 0.5 0.18 1 NMNAT2 2083 32 0.002 0.6 -0.14 6 HLA-E 2317 33 0.002 0.6 -0.12 7 POLD2 508 34 0.002 0.6 0.14 17 ATP5H 5790 35 0.002 0.6 -0.14 12 SLC2A3 7020 36 0.002 0.6 0.18 12 UBC 395 37 0.002 0.6 0.19 3 RHOA 7354 38 0.002 0.6 -0.095 3 GPX1 7075 39 0.002 0.7 -0.17 14 NFKBIA 498 40 0.002 0.7 -0.12 1 SHC1 8171

RUV-2 K = 5

RLE Plots (K = 5)

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values (K = 5)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls) (K = 5)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots (K = 5)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots (K = 5)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 14 19 22 25 26	20 40 60 80 100 14 19 23 25 26	20 40 60 80 100 14 19 22 25 26	20 40 60 80 100 14 19 23 25 26	20 40 60 80 100 14 21 23 24 24

Top-ranked Genes (K = 5)

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 7e-33 9e-29 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 2e-24 1e-20 0.35 Y KDM5D 7630 3 9e-18 4e-14 0.81 Y DDX3Y 8410 4 3e-13 8e-10 0.27 Y UTY 4494 5 2e-11 4e-08 0.32 Y USP9Y 5916 6 2e-11 4e-08 -0.3 X XIST 8501 7 3e-08 5e-05 0.2 X Y CD99 11219 8 1e-07 2e-04 0.13 Y CYorf15B 8235 9 3e-06 0.004 0.17 Y TTTY15 6357 10 5e-06 0.007 0.21 X NA 6403 11 1e-05 0.01 0.1 X Y ASMTL 6591 12 2e-05 0.02 -0.12 X DDX3X 9812 13 3e-05 0.03 -0.11 7 POLD2 508 14 4e-05 0.04 -0.62 11 HBB 2045 15 6e-05 0.05 0.17 X Y SLC25A6 10509 16 7e-05 0.05 -0.14 X RPS4X 4662 17 7e-05 0.05 -0.12 3 ABCC5 1012 18 9e-05 0.06 0.11 19 TNNT1 6147 19 9e-05 0.06 -0.1 11 RBM14 11543 20 1e-04 0.07 0.18 7 PTN 1214 21 1e-04 0.07 0.12 Y NLGN4Y 2932 22 1e-04 0.08 -0.08 3 GPX1 7075 23 2e-04 0.1 0.12 2 NCL 2588 24 2e-04 0.1 -0.055 X HDHD1A 7758 25 2e-04 0.1 0.14 10ptp* NA 2934 26 2e-04 0.1 -0.57 16hba1 NA 1513 27 3e-04 0.1 0.11 X NA 12506 28 3e-04 0.1 0.1 3 RAB5A 6144 29 4e-04 0.2 -0.15 11 IFITM1 12214 30 4e-04 0.2 0.1 11 PIK3C2A 6547 31 4e-04 0.2 -0.084 19 SNRPA 10920 32 6e-04 0.2 -0.13 19 PIN1 10495 33 6e-04 0.2 0.087 X Y GTPBP6 11189 34 6e-04 0.2 -0.084 14 AP1G2 8857 35 6e-04 0.2 0.18 3 RHOA 7354 36 7e-04 0.2 0.11 2 NTSR2 3014 37 8e-04 0.3 0.099 4 FAT1 10528 38 8e-04 0.3 0.12 X Y SLC25A6 10510 39 9e-04 0.3 0.26 11 SLC1A2 4600 40 9e-04 0.3 0.15 7 PTPRZ1 392	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-35 4e-31 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 4e-25 2e-21 0.35 Y KDM5D 7630 3 5e-19 2e-15 0.81 Y DDX3Y 8410 4 8e-14 3e-10 0.27 Y UTY 4494 5 4e-12 1e-08 0.32 Y USP9Y 5916 6 5e-12 1e-08 -0.3 X XIST 8501 7 1e-08 3e-05 0.2 X Y CD99 11219 8 2e-07 2e-04 0.13 Y CYorf15B 8235 9 2e-06 0.002 0.17 Y TTTY15 6357 10 3e-06 0.004 0.21 X NA 6403 11 1e-05 0.01 0.1 X Y ASMTL 6591 12 1e-05 0.01 -0.12 X DDX3X 9812 13 2e-05 0.02 -0.62 11 HBB 2045 14 3e-05 0.02 -0.11 7 POLD2 508 15 4e-05 0.03 0.17 X Y SLC25A6 10509 16 5e-05 0.04 -0.14 X RPS4X 4662 17 5e-05 0.04 -0.12 3 ABCC5 1012 18 7e-05 0.05 0.18 7 PTN 1214 19 8e-05 0.05 0.11 19 TNNT1 6147 20 9e-05 0.06 -0.1 11 RBM14 11543 21 1e-04 0.06 0.12 Y NLGN4Y 2932 22 1e-04 0.07 -0.57 16hba1 NA 1513 23 1e-04 0.08 0.12 2 NCL 2588 24 2e-04 0.08 0.14 10ptp* NA 2934 25 2e-04 0.09 -0.08 3 GPX1 7075 26 2e-04 0.1 0.11 X NA 12506 27 2e-04 0.1 0.1 3 RAB5A 6144 28 3e-04 0.1 -0.15 11 IFITM1 12214 29 4e-04 0.2 0.1 11 PIK3C2A 6547 30 4e-04 0.2 0.18 3 RHOA 7354 31 4e-04 0.2 -0.13 19 PIN1 10495 32 4e-04 0.2 -0.084 19 SNRPA 10920 33 5e-04 0.2 -0.055 X HDHD1A 7758 34 6e-04 0.2 0.11 2 NTSR2 3014 35 6e-04 0.2 0.26 11 SLC1A2 4600 36 6e-04 0.2 0.087 X Y GTPBP6 11189 37 6e-04 0.2 0.12 X Y SLC25A6 10510 38 6e-04 0.2 -0.084 14 AP1G2 8857 39 7e-04 0.2 0.15 7 PTPRZ1 392 40 7e-04 0.2 0.099 4 FAT1 10528	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-30 2e-26 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 2e-22 1e-18 0.35 Y KDM5D 7630 3 4e-16 2e-12 0.81 Y DDX3Y 8410 4 5e-12 2e-08 0.27 Y UTY 4494 5 2e-10 5e-07 0.32 Y USP9Y 5916 6 3e-10 5e-07 -0.3 X XIST 8501 7 2e-07 4e-04 0.2 X Y CD99 11219 8 9e-07 0.001 0.13 Y CYorf15B 8235 9 1e-05 0.02 0.17 Y TTTY15 6357 10 2e-05 0.03 0.21 X NA 6403 11 4e-05 0.05 0.1 X Y ASMTL 6591 12 6e-05 0.06 -0.12 X DDX3X 9812 13 9e-05 0.09 -0.11 7 POLD2 508 14 1e-04 0.1 -0.62 11 HBB 2045 15 2e-04 0.2 0.17 X Y SLC25A6 10509 16 2e-04 0.2 -0.14 X RPS4X 4662 17 2e-04 0.2 -0.12 3 ABCC5 1012 18 3e-04 0.2 0.11 19 TNNT1 6147 19 3e-04 0.2 -0.1 11 RBM14 11543 20 3e-04 0.2 0.18 7 PTN 1214 21 4e-04 0.2 0.12 Y NLGN4Y 2932 22 4e-04 0.2 -0.08 3 GPX1 7075 23 5e-04 0.3 0.12 2 NCL 2588 24 6e-04 0.3 -0.055 X HDHD1A 7758 25 6e-04 0.3 0.14 10ptp* NA 2934 26 6e-04 0.3 -0.57 16hba1 NA 1513 27 7e-04 0.3 0.11 X NA 12506 28 7e-04 0.3 0.1 3 RAB5A 6144 29 0.001 0.4 -0.15 11 IFITM1 12214 30 0.001 0.4 0.1 11 PIK3C2A 6547 31 0.001 0.4 -0.084 19 SNRPA 10920 32 0.001 0.6 -0.13 19 PIN1 10495 33 0.001 0.6 0.087 X Y GTPBP6 11189 34 0.002 0.6 -0.084 14 AP1G2 8857 35 0.002 0.6 0.18 3 RHOA 7354 36 0.002 0.6 0.11 2 NTSR2 3014 37 0.002 0.6 0.099 4 FAT1 10528 38 0.002 0.6 0.12 X Y SLC25A6 10510 39 0.002 0.7 0.26 11 SLC1A2 4600 40 0.002 0.7 0.15 7 PTPRZ1 392	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-32 2e-28 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 7e-23 4e-19 0.35 Y KDM5D 7630 3 4e-17 2e-13 0.81 Y DDX3Y 8410 4 3e-12 8e-09 0.27 Y UTY 4494 5 9e-11 2e-07 0.32 Y USP9Y 5916 6 1e-10 2e-07 -0.3 X XIST 8501 7 1e-07 3e-04 0.2 X Y CD99 11219 8 1e-06 0.002 0.13 Y CYorf15B 8235 9 9e-06 0.01 0.17 Y TTTY15 6357 10 1e-05 0.02 0.21 X NA 6403 11 5e-05 0.06 0.1 X Y ASMTL 6591 12 6e-05 0.06 -0.12 X DDX3X 9812 13 8e-05 0.08 -0.62 11 HBB 2045 14 1e-04 0.09 -0.11 7 POLD2 508 15 1e-04 0.1 0.17 X Y SLC25A6 10509 16 2e-04 0.1 -0.14 X RPS4X 4662 17 2e-04 0.1 -0.12 3 ABCC5 1012 18 2e-04 0.2 0.18 7 PTN 1214 19 3e-04 0.2 0.11 19 TNNT1 6147 20 3e-04 0.2 -0.1 11 RBM14 11543 21 3e-04 0.2 0.12 Y NLGN4Y 2932 22 4e-04 0.2 -0.57 16hba1 NA 1513 23 4e-04 0.2 0.12 2 NCL 2588 24 5e-04 0.3 0.14 10ptp* NA 2934 25 6e-04 0.3 -0.08 3 GPX1 7075 26 6e-04 0.3 0.11 X NA 12506 27 7e-04 0.3 0.1 3 RAB5A 6144 28 8e-04 0.4 -0.15 11 IFITM1 12214 29 0.001 0.4 0.1 11 PIK3C2A 6547 30 0.001 0.5 0.18 3 RHOA 7354 31 0.001 0.5 -0.13 19 PIN1 10495 32 0.001 0.5 -0.084 19 SNRPA 10920 33 0.001 0.5 -0.055 X HDHD1A 7758 34 0.001 0.5 0.11 2 NTSR2 3014 35 0.001 0.5 0.26 11 SLC1A2 4600 36 0.002 0.5 0.087 X Y GTPBP6 11189 37 0.002 0.5 0.12 X Y SLC25A6 10510 38 0.002 0.5 -0.084 14 AP1G2 8857 39 0.002 0.5 0.15 7 PTPRZ1 392 40 0.002 0.6 0.099 4 FAT1 10528	rank p BH beta chrom sym index 1 6e-74 7e-70 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 1e-46 9e-43 0.35 Y KDM5D 7630 3 2e-28 8e-25 0.81 Y DDX3Y 8410 4 2e-16 6e-13 0.27 Y UTY 4494 5 4e-15 1e-11 0.32 Y USP9Y 5916 6 8e-15 2e-11 -0.3 X XIST 8501 7 4e-09 7e-06 0.2 X Y CD99 11219 8 2e-08 3e-05 0.13 Y CYorf15B 8235 9 1e-06 0.002 0.17 Y TTTY15 6357 10 8e-06 0.01 0.21 X NA 6403 11 9e-06 0.01 0.1 X Y ASMTL 6591 12 1e-05 0.01 -0.12 X DDX3X 9812 13 1e-05 0.01 -0.11 7 POLD2 508 14 4e-05 0.03 0.17 X Y SLC25A6 10509 15 4e-05 0.03 -0.14 X RPS4X 4662 16 4e-05 0.03 -0.1 11 RBM14 11543 17 9e-05 0.07 -0.08 3 GPX1 7075 18 1e-04 0.07 0.18 7 PTN 1214 19 1e-04 0.09 0.11 19 TNNT1 6147 20 2e-04 0.1 -0.15 11 IFITM1 12214 21 2e-04 0.1 0.12 2 NCL 2588 22 2e-04 0.1 -0.12 3 ABCC5 1012 23 2e-04 0.1 0.14 10ptp* NA 2934 24 3e-04 0.1 0.12 Y NLGN4Y 2932 25 3e-04 0.1 -0.62 11 HBB 2045 26 3e-04 0.2 0.11 X NA 12506 27 5e-04 0.2 -0.13 19 PIN1 10495 28 6e-04 0.3 -0.084 14 AP1G2 8857 29 6e-04 0.3 0.1 3 RAB5A 6144 30 6e-04 0.3 -0.084 19 SNRPA 10920 31 7e-04 0.3 0.13 Y EIF1AY 10167 32 7e-04 0.3 0.1 11 PIK3C2A 6547 33 7e-04 0.3 -0.055 X HDHD1A 7758 34 8e-04 0.3 0.082 2 SH3YL1 3906 35 8e-04 0.3 0.076 3 SNX4 10681 36 9e-04 0.3 0.087 X Y GTPBP6 11189 37 9e-04 0.3 0.12 X Y SLC25A6 10510 38 9e-04 0.3 0.11 2 NTSR2 3014 39 9e-04 0.3 0.058 X RBMX 9799 40 0.001 0.3 0.26 11 SLC1A2 4600

RUV-2 K = 10

RLE Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values (K = 10)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls) (K = 10)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 15 22 24 25 25	20 40 60 80 100 15 22 23 25 25	20 40 60 80 100 15 22 24 25 25	20 40 60 80 100 15 22 23 25 25	20 40 60 80 100 17 24 25 28 29

Top-ranked Genes (K = 10)

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 3e-31 4e-27 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 2e-23 1e-19 0.35 Y KDM5D 7630 3 2e-16 1e-12 0.79 Y DDX3Y 8410 4 3e-14 1e-10 -0.31 X XIST 8501 5 7e-14 2e-10 0.21 X Y CD99 11219 6 1e-12 3e-09 0.25 Y UTY 4494 7 1e-11 2e-08 0.31 Y USP9Y 5916 8 9e-10 1e-06 -0.16 X RPS4X 4662 9 1e-09 1e-06 0.14 Y TTTY15 6357 10 1e-08 2e-05 0.11 Y CYorf15B 8235 11 7e-08 8e-05 -0.71 11 HBB 2045 12 1e-07 1e-04 -0.68 16hba1 NA 1513 13 3e-07 3e-04 0.14 X Y SLC25A6 10510 14 4e-07 4e-04 0.19 X NA 6403 15 6e-07 5e-04 -0.69 11 HBB 1676 16 8e-07 6e-04 0.089 X NA 12506 17 9e-07 6e-04 -0.089 11hbg NA 8641 18 9e-07 6e-04 -0.094 1 FDPS 7370 19 1e-06 7e-04 0.093 Y NLGN4Y 2932 20 2e-06 0.001 0.17 X Y SLC25A6 10509 21 3e-06 0.002 -0.062 X HDHD1A 7758 22 4e-06 0.002 -0.11 X DDX3X 9812 23 4e-06 0.002 -0.15 1 PDE4DIP 3370 24 7e-06 0.004 0.094 Y EIF1AY 10167 25 9e-06 0.004 0.086 X Y ASMTL 6591 26 9e-06 0.004 0.095 X Y GTPBP6 11189 27 1e-05 0.005 0.13 2 NCL 2588 28 2e-05 0.007 -0.14 11 IFITM1 12214 29 2e-05 0.008 -0.12 19 PIN1 10495 30 2e-05 0.009 -0.1 7 POLD2 508 31 2e-05 0.01 0.069 6 HBS1L 4252 32 3e-05 0.01 -0.1 11 RBM14 11543 33 3e-05 0.01 -0.11 3 ABCC5 1012 34 3e-05 0.01 0.14 21 SH3BGR 6073 35 3e-05 0.01 0.18 3 RHOA 7354 36 4e-05 0.01 0.089 X Y ZBED1 9230 37 4e-05 0.01 0.082 X Y ASMTL 6592 38 6e-05 0.02 -0.082 11 EEF1G 733 39 6e-05 0.02 -0.09 19 SNRPA 10920 40 6e-05 0.02 0.079 19 TNNT1 6147	rank p BH beta chrom sym index 1 6e-34 8e-30 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 7e-25 4e-21 0.35 Y KDM5D 7630 3 1e-17 4e-14 0.79 Y DDX3Y 8410 4 3e-15 1e-11 -0.31 X XIST 8501 5 2e-14 4e-11 0.21 X Y CD99 11219 6 2e-13 5e-10 0.25 Y UTY 4494 7 2e-12 3e-09 0.31 Y USP9Y 5916 8 3e-10 5e-07 -0.16 X RPS4X 4662 9 5e-10 7e-07 0.14 Y TTTY15 6357 10 9e-09 1e-05 0.11 Y CYorf15B 8235 11 2e-08 2e-05 -0.71 11 HBB 2045 12 3e-08 4e-05 -0.68 16hba1 NA 1513 13 2e-07 1e-04 0.14 X Y SLC25A6 10510 14 2e-07 1e-04 0.19 X NA 6403 15 2e-07 2e-04 -0.69 11 HBB 1676 16 7e-07 5e-04 0.17 X Y SLC25A6 10509 17 8e-07 6e-04 0.089 X NA 12506 18 8e-07 6e-04 -0.094 1 FDPS 7370 19 9e-07 6e-04 -0.089 11hbg NA 8641 20 1e-06 6e-04 0.093 Y NLGN4Y 2932 21 2e-06 0.001 -0.15 1 PDE4DIP 3370 22 3e-06 0.001 -0.11 X DDX3X 9812 23 5e-06 0.003 0.094 Y EIF1AY 10167 24 6e-06 0.003 0.13 2 NCL 2588 25 6e-06 0.003 -0.062 X HDHD1A 7758 26 7e-06 0.003 0.095 X Y GTPBP6 11189 27 7e-06 0.003 0.086 X Y ASMTL 6591 28 8e-06 0.004 -0.14 11 IFITM1 12214 29 1e-05 0.005 -0.12 19 PIN1 10495 30 1e-05 0.006 -0.1 7 POLD2 508 31 2e-05 0.007 0.18 3 RHOA 7354 32 2e-05 0.007 0.14 21 SH3BGR 6073 33 2e-05 0.007 -0.1 11 RBM14 11543 34 2e-05 0.007 -0.11 3 ABCC5 1012 35 3e-05 0.01 0.069 6 HBS1L 4252 36 3e-05 0.01 0.089 X Y ZBED1 9230 37 3e-05 0.01 0.19 7 PTN 4841 38 4e-05 0.01 0.082 X Y ASMTL 6592 39 4e-05 0.01 -0.11 16 C16orf45 5772 40 4e-05 0.01 0.12 11 FADS1 9436	rank p BH beta chrom sym index 1 4e-24 5e-20 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 2e-17 1e-13 0.35 Y KDM5D 7630 3 1e-11 6e-08 0.79 Y DDX3Y 8410 4 6e-10 2e-06 -0.31 X XIST 8501 5 1e-09 3e-06 0.21 X Y CD99 11219 6 1e-08 2e-05 0.25 Y UTY 4494 7 5e-08 9e-05 0.31 Y USP9Y 5916 8 1e-06 0.002 -0.16 X RPS4X 4662 9 1e-06 0.002 0.14 Y TTTY15 6357 10 7e-06 0.008 0.11 Y CYorf15B 8235 11 2e-05 0.02 -0.71 11 HBB 2045 12 3e-05 0.04 -0.68 16hba1 NA 1513 13 6e-05 0.06 0.14 X Y SLC25A6 10510 14 7e-05 0.07 0.19 X NA 6403 15 9e-05 0.08 -0.69 11 HBB 1676 16 1e-04 0.09 0.089 X NA 12506 17 1e-04 0.09 -0.089 11hbg NA 8641 18 1e-04 0.09 -0.094 1 FDPS 7370 19 1e-04 0.09 0.093 Y NLGN4Y 2932 20 2e-04 0.1 0.17 X Y SLC25A6 10509 21 3e-04 0.2 -0.062 X HDHD1A 7758 22 3e-04 0.2 -0.11 X DDX3X 9812 23 3e-04 0.2 -0.15 1 PDE4DIP 3370 24 5e-04 0.2 0.094 Y EIF1AY 10167 25 5e-04 0.3 0.086 X Y ASMTL 6591 26 6e-04 0.3 0.095 X Y GTPBP6 11189 27 6e-04 0.3 0.13 2 NCL 2588 28 8e-04 0.4 -0.14 11 IFITM1 12214 29 9e-04 0.4 -0.12 19 PIN1 10495 30 0.001 0.4 -0.1 7 POLD2 508 31 0.001 0.4 0.069 6 HBS1L 4252 32 0.001 0.5 -0.1 11 RBM14 11543 33 0.001 0.5 -0.11 3 ABCC5 1012 34 0.001 0.5 0.14 21 SH3BGR 6073 35 0.001 0.5 0.18 3 RHOA 7354 36 0.001 0.5 0.089 X Y ZBED1 9230 37 0.002 0.5 0.082 X Y ASMTL 6592 38 0.002 0.6 -0.082 11 EEF1G 733 39 0.002 0.6 -0.09 19 SNRPA 10920 40 0.002 0.6 0.079 19 TNNT1 6147	rank p BH beta chrom sym index 1 8e-26 1e-21 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 5e-18 3e-14 0.35 Y KDM5D 7630 3 3e-12 1e-08 0.79 Y DDX3Y 8410 4 2e-10 7e-07 -0.31 X XIST 8501 5 7e-10 2e-06 0.21 X Y CD99 11219 6 5e-09 1e-05 0.25 Y UTY 4494 7 2e-08 4e-05 0.31 Y USP9Y 5916 8 8e-07 0.001 -0.16 X RPS4X 4662 9 1e-06 0.002 0.14 Y TTTY15 6357 10 8e-06 0.01 0.11 Y CYorf15B 8235 11 1e-05 0.01 -0.71 11 HBB 2045 12 2e-05 0.02 -0.68 16hba1 NA 1513 13 5e-05 0.05 0.14 X Y SLC25A6 10510 14 5e-05 0.05 0.19 X NA 6403 15 5e-05 0.05 -0.69 11 HBB 1676 16 1e-04 0.1 0.17 X Y SLC25A6 10509 17 1e-04 0.1 0.089 X NA 12506 18 1e-04 0.1 -0.094 1 FDPS 7370 19 2e-04 0.1 -0.089 11hbg NA 8641 20 2e-04 0.1 0.093 Y NLGN4Y 2932 21 3e-04 0.2 -0.15 1 PDE4DIP 3370 22 3e-04 0.2 -0.11 X DDX3X 9812 23 5e-04 0.3 0.094 Y EIF1AY 10167 24 5e-04 0.3 0.13 2 NCL 2588 25 5e-04 0.3 -0.062 X HDHD1A 7758 26 6e-04 0.3 0.095 X Y GTPBP6 11189 27 6e-04 0.3 0.086 X Y ASMTL 6591 28 6e-04 0.3 -0.14 11 IFITM1 12214 29 8e-04 0.3 -0.12 19 PIN1 10495 30 9e-04 0.4 -0.1 7 POLD2 508 31 0.001 0.4 0.18 3 RHOA 7354 32 0.001 0.4 0.14 21 SH3BGR 6073 33 0.001 0.4 -0.1 11 RBM14 11543 34 0.001 0.4 -0.11 3 ABCC5 1012 35 0.001 0.5 0.069 6 HBS1L 4252 36 0.001 0.5 0.089 X Y ZBED1 9230 37 0.001 0.5 0.19 7 PTN 4841 38 0.002 0.5 0.082 X Y ASMTL 6592 39 0.002 0.5 -0.11 16 C16orf45 5772 40 0.002 0.5 0.12 11 FADS1 9436	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-41 1e-37 0.35 Y KDM5D 7630 2 2e-34 1e-30 1.2 Y RPS4Y1 11296 3 2e-17 7e-14 0.21 X Y CD99 11219 4 2e-16 6e-13 0.79 Y DDX3Y 8410 5 5e-13 1e-09 -0.31 X XIST 8501 6 9e-13 2e-09 0.11 Y CYorf15B 8235 7 5e-12 8e-09 0.14 Y TTTY15 6357 8 7e-11 1e-07 0.25 Y UTY 4494 9 1e-10 1e-07 -0.16 X RPS4X 4662 10 2e-09 3e-06 0.31 Y USP9Y 5916 11 2e-09 3e-06 -0.094 1 FDPS 7370 12 3e-09 3e-06 0.093 Y NLGN4Y 2932 13 1e-08 1e-05 -0.089 11hbg NA 8641 14 1e-08 1e-05 0.089 X NA 12506 15 5e-08 4e-05 0.086 X Y ASMTL 6591 16 7e-07 5e-04 0.069 6 HBS1L 4252 17 1e-06 0.001 -0.062 X HDHD1A 7758 18 2e-06 0.001 0.082 X Y ASMTL 6592 19 3e-06 0.002 0.094 Y EIF1AY 10167 20 3e-06 0.002 0.14 X Y SLC25A6 10510 21 4e-06 0.003 0.079 19 TNNT1 6147 22 8e-06 0.004 0.095 X Y GTPBP6 11189 23 1e-05 0.007 -0.11 X DDX3X 9812 24 2e-05 0.008 -0.082 11 EEF1G 733 25 2e-05 0.009 0.19 X NA 6403 26 2e-05 0.009 -0.1 7 POLD2 508 27 2e-05 0.01 -0.11 3 ABCC5 1012 28 3e-05 0.01 -0.09 19 SNRPA 10920 29 3e-05 0.01 0.089 X Y ZBED1 9230 30 3e-05 0.01 -0.1 11 RBM14 11543 31 5e-05 0.02 -0.054 X EIF2S3 295 32 5e-05 0.02 0.064 45ac* NA 6664 33 5e-05 0.02 -0.062 1 TNFRSF1B 3824 34 8e-05 0.03 0.066 Y PRKY 10100 35 1e-04 0.04 0.061 8 PPP2CB 12461 36 1e-04 0.04 -0.073 3 GPX1 7075 37 1e-04 0.04 0.17 X Y SLC25A6 10509 38 2e-04 0.06 0.058 6 CRISP3 6501 39 2e-04 0.07 -0.12 19 PIN1 10495 40 2e-04 0.08 0.09 12 ASCL1 10619

RUV-4 Combined Analyses

Top-ranked Count Plots

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Combined Diagnostic Plots

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34

K

Y

Y_c

projection

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard

ebayes

rsvar

rsvar ebayes

evar

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

standard (controls)

ebayes (controls)

rsvar (controls)

rsvar ebayes (controls)

evar (controls)

1

5

10

RUV-4 Individual Analyses

RUV-4 K = 1

RLE Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values (K = 1)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls) (K = 1)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots (K = 1)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 7 8 10 12 13	20 40 60 80 100 7 7 9 12 12	20 40 60 80 100 7 8 10 12 13	20 40 60 80 100 7 7 9 12 12	20 40 60 80 100 8 8 10 10 11

Top-ranked Genes (K = 1)

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 3e-29 4e-25 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 2e-17 1e-13 0.3 Y KDM5D 7630 3 2e-13 9e-10 0.76 Y DDX3Y 8410 4 7e-12 2e-08 -0.36 X XIST 8501 5 1e-09 3e-06 0.27 Y USP9Y 5916 6 5e-07 0.001 -0.13 11hbg NA 8641 7 1e-05 0.02 0.2 Y UTY 4494 8 2e-05 0.02 -0.083 X HDHD1A 7758 9 2e-05 0.03 -0.16 1 PDE4DIP 3370 10 6e-05 0.07 -0.091 8 MYOM2 7587 11 6e-05 0.07 -0.093 7 RAMP3 5176 12 8e-05 0.08 -0.71 11 HBB 2045 13 8e-05 0.08 -0.11 6 IER3 258 14 1e-04 0.1 -0.07 11 CAPN5 8560 15 1e-04 0.1 -0.085 2 INPP5D 792 16 1e-04 0.1 -0.15 17 PECAM1 7443 17 1e-04 0.1 -0.073 5 HBEGF 8089 18 1e-04 0.1 -0.06 21 POFUT2 4302 19 2e-04 0.1 -0.085 15 PML 12105 20 3e-04 0.2 -0.076 19 LIG1 405 21 3e-04 0.2 -0.068 5 P4HA2 4406 22 3e-04 0.2 -0.11 3 CRYBG3 11356 23 4e-04 0.2 -0.11 8 FDFT1 4869 24 4e-04 0.2 -0.057 17 PELP1 2452 25 4e-04 0.2 -0.11 1 TNFRSF1B 631 26 5e-04 0.2 -0.07 12 RAD52 10821 27 5e-04 0.2 -0.07 10 CXCL12 3845 28 6e-04 0.2 -0.079 1 MTMR11 251 29 6e-04 0.2 -0.091 21 IL10RB 3232 30 6e-04 0.2 -0.19 11 RELA 319 31 6e-04 0.2 -0.11 2 ARID5A 8332 32 6e-04 0.2 -0.092 10 FAM53B 10214 33 6e-04 0.2 -0.061 X STS 8086 34 6e-04 0.2 -0.1 2 MTHFD2 10144 35 6e-04 0.2 -0.066 1 RIT1 8386 36 7e-04 0.2 -0.086 1 GJA4 10763 37 7e-04 0.2 -0.15 18 DTNA 6503 38 8e-04 0.3 -0.091 3 HCLS1 1811 39 8e-04 0.3 -0.081 17 ERBB2 977 40 8e-04 0.3 -0.087 8 TNFRSF10B 4913	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-30 4e-26 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 2e-17 1e-13 0.3 Y KDM5D 7630 3 7e-14 3e-10 0.76 Y DDX3Y 8410 4 4e-12 1e-08 -0.36 X XIST 8501 5 1e-09 2e-06 0.27 Y USP9Y 5916 6 7e-07 0.002 -0.13 11hbg NA 8641 7 1e-05 0.02 0.2 Y UTY 4494 8 2e-05 0.03 -0.16 1 PDE4DIP 3370 9 4e-05 0.05 -0.083 X HDHD1A 7758 10 6e-05 0.07 -0.71 11 HBB 2045 11 1e-04 0.1 -0.091 8 MYOM2 7587 12 1e-04 0.1 -0.093 7 RAMP3 5176 13 1e-04 0.1 -0.11 6 IER3 258 14 1e-04 0.1 -0.15 17 PECAM1 7443 15 2e-04 0.2 -0.085 2 INPP5D 792 16 3e-04 0.2 -0.073 5 HBEGF 8089 17 3e-04 0.2 -0.07 11 CAPN5 8560 18 3e-04 0.2 -0.085 15 PML 12105 19 4e-04 0.3 -0.11 3 CRYBG3 11356 20 4e-04 0.3 -0.11 8 FDFT1 4869 21 4e-04 0.3 -0.06 21 POFUT2 4302 22 5e-04 0.3 -0.076 19 LIG1 405 23 5e-04 0.3 -0.19 11 RELA 319 24 5e-04 0.3 -0.11 1 TNFRSF1B 631 25 6e-04 0.3 -0.068 5 P4HA2 4406 26 6e-04 0.3 -0.11 2 ARID5A 8332 27 7e-04 0.3 -0.15 18 DTNA 6503 28 7e-04 0.3 -0.1 2 MTHFD2 10144 29 7e-04 0.3 -0.091 21 IL10RB 3232 30 7e-04 0.3 -0.092 10 FAM53B 10214 31 8e-04 0.3 -0.079 1 MTMR11 251 32 9e-04 0.3 -0.07 12 RAD52 10821 33 9e-04 0.3 -0.07 10 CXCL12 3845 34 9e-04 0.3 -0.086 1 GJA4 10763 35 9e-04 0.3 -0.091 3 HCLS1 1811 36 0.001 0.3 -0.087 8 TNFRSF10B 4913 37 0.001 0.3 -0.16 22 DDX17 11342 38 0.001 0.3 -0.64 16hba1 NA 1513 39 0.001 0.3 -0.2 6 CTGF 6677 40 0.001 0.3 -0.081 17 ERBB2 977	rank p BH beta chrom sym index 1 2e-30 3e-26 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 3e-18 2e-14 0.3 Y KDM5D 7630 3 4e-14 2e-10 0.76 Y DDX3Y 8410 4 2e-12 5e-09 -0.36 X XIST 8501 5 4e-10 9e-07 0.27 Y USP9Y 5916 6 2e-07 4e-04 -0.13 11hbg NA 8641 7 6e-06 0.01 0.2 Y UTY 4494 8 8e-06 0.01 -0.083 X HDHD1A 7758 9 1e-05 0.01 -0.16 1 PDE4DIP 3370 10 3e-05 0.04 -0.091 8 MYOM2 7587 11 3e-05 0.04 -0.093 7 RAMP3 5176 12 4e-05 0.04 -0.71 11 HBB 2045 13 4e-05 0.04 -0.11 6 IER3 258 14 7e-05 0.05 -0.07 11 CAPN5 8560 15 7e-05 0.05 -0.085 2 INPP5D 792 16 7e-05 0.05 -0.15 17 PECAM1 7443 17 7e-05 0.05 -0.073 5 HBEGF 8089 18 8e-05 0.06 -0.06 21 POFUT2 4302 19 1e-04 0.07 -0.085 15 PML 12105 20 2e-04 0.1 -0.076 19 LIG1 405 21 2e-04 0.1 -0.068 5 P4HA2 4406 22 2e-04 0.1 -0.11 3 CRYBG3 11356 23 2e-04 0.1 -0.11 8 FDFT1 4869 24 3e-04 0.1 -0.057 17 PELP1 2452 25 3e-04 0.1 -0.11 1 TNFRSF1B 631 26 3e-04 0.1 -0.07 12 RAD52 10821 27 3e-04 0.1 -0.07 10 CXCL12 3845 28 3e-04 0.1 -0.079 1 MTMR11 251 29 3e-04 0.1 -0.091 21 IL10RB 3232 30 3e-04 0.1 -0.19 11 RELA 319 31 4e-04 0.1 -0.11 2 ARID5A 8332 32 4e-04 0.1 -0.092 10 FAM53B 10214 33 4e-04 0.1 -0.061 X STS 8086 34 4e-04 0.1 -0.1 2 MTHFD2 10144 35 4e-04 0.1 -0.066 1 RIT1 8386 36 5e-04 0.2 -0.086 1 GJA4 10763 37 5e-04 0.2 -0.15 18 DTNA 6503 38 5e-04 0.2 -0.091 3 HCLS1 1811 39 5e-04 0.2 -0.081 17 ERBB2 977 40 5e-04 0.2 -0.087 8 TNFRSF10B 4913	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-31 3e-27 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 3e-18 2e-14 0.3 Y KDM5D 7630 3 2e-14 7e-11 0.76 Y DDX3Y 8410 4 9e-13 3e-09 -0.36 X XIST 8501 5 3e-10 7e-07 0.27 Y USP9Y 5916 6 3e-07 7e-04 -0.13 11hbg NA 8641 7 6e-06 0.01 0.2 Y UTY 4494 8 1e-05 0.02 -0.16 1 PDE4DIP 3370 9 2e-05 0.03 -0.083 X HDHD1A 7758 10 3e-05 0.04 -0.71 11 HBB 2045 11 5e-05 0.05 -0.091 8 MYOM2 7587 12 6e-05 0.05 -0.093 7 RAMP3 5176 13 6e-05 0.05 -0.11 6 IER3 258 14 7e-05 0.07 -0.15 17 PECAM1 7443 15 1e-04 0.1 -0.085 2 INPP5D 792 16 2e-04 0.1 -0.073 5 HBEGF 8089 17 2e-04 0.1 -0.07 11 CAPN5 8560 18 2e-04 0.1 -0.085 15 PML 12105 19 2e-04 0.2 -0.11 3 CRYBG3 11356 20 2e-04 0.2 -0.11 8 FDFT1 4869 21 3e-04 0.2 -0.06 21 POFUT2 4302 22 3e-04 0.2 -0.076 19 LIG1 405 23 3e-04 0.2 -0.19 11 RELA 319 24 3e-04 0.2 -0.11 1 TNFRSF1B 631 25 4e-04 0.2 -0.068 5 P4HA2 4406 26 4e-04 0.2 -0.11 2 ARID5A 8332 27 4e-04 0.2 -0.15 18 DTNA 6503 28 4e-04 0.2 -0.1 2 MTHFD2 10144 29 4e-04 0.2 -0.091 21 IL10RB 3232 30 5e-04 0.2 -0.092 10 FAM53B 10214 31 5e-04 0.2 -0.079 1 MTMR11 251 32 6e-04 0.2 -0.07 12 RAD52 10821 33 6e-04 0.2 -0.07 10 CXCL12 3845 34 6e-04 0.2 -0.086 1 GJA4 10763 35 6e-04 0.2 -0.091 3 HCLS1 1811 36 7e-04 0.2 -0.087 8 TNFRSF10B 4913 37 7e-04 0.2 -0.16 22 DDX17 11342 38 7e-04 0.2 -0.64 16hba1 NA 1513 39 7e-04 0.2 -0.2 6 CTGF 6677 40 7e-04 0.2 -0.081 17 ERBB2 977	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-119 4e-115 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 2e-34 2e-30 0.76 Y DDX3Y 8410 3 3e-13 1e-09 -0.36 X XIST 8501 4 1e-10 4e-07 0.3 Y KDM5D 7630 5 3e-08 8e-05 0.27 Y USP9Y 5916 6 9e-08 2e-04 -0.71 11 HBB 2045 7 1e-06 0.003 -0.24 11 IFITM1 12214 8 3e-06 0.005 -0.64 16hba1 NA 1513 9 9e-06 0.01 -0.61 11 HBB 1676 10 4e-05 0.05 -0.2 6 CTGF 6677 11 4e-05 0.05 -0.2 20 TGM2 8459 12 6e-05 0.07 0.2 Y UTY 4494 13 2e-04 0.2 -0.19 11 RELA 319 14 3e-04 0.2 0.23 X Y SLC25A6 10509 15 4e-04 0.3 0.33 19 CIRBP 9932 16 5e-04 0.4 -0.17 14 NFKBIA 498 17 9e-04 0.6 -0.16 X TIMP1 752 18 9e-04 0.6 -0.16 2 CYP1B1 10141 19 9e-04 0.6 -0.16 6 HLA-F 7466 20 0.001 0.8 -0.16 11 ZBTB16 9748 21 0.001 0.8 -0.16 1 PDE4DIP 3370 22 0.001 0.8 -0.2 10 C10orf10 9176 23 0.001 0.8 -0.16 22 DDX17 11342 24 0.002 0.8 -0.15 11 CD59 9232 25 0.002 0.8 -0.22 20 ID1 6656 26 0.002 0.8 -0.22 8 CEBPD 58 27 0.002 0.8 0.28 2 GAD1 7226 28 0.003 0.8 -0.15 11 SERPING1 9843 29 0.003 0.8 -0.13 11hbg NA 8641 30 0.003 0.8 -0.15 17 PECAM1 7443 31 0.003 0.8 -0.15 18 DTNA 6503 32 0.003 0.8 -0.15 1 MCL1 1257 33 0.003 0.8 -0.14 14 AP1G2 8856 34 0.003 0.8 -0.14 2 IGFBP5 735 35 0.004 0.8 0.18 6 RPL10A 6826 36 0.004 0.8 -0.14 6 HLA-E 2317 37 0.004 0.8 -0.14 4 HMGB2 8117 38 0.004 0.8 -0.18 22 CLDN5 9055 39 0.004 0.8 -0.14 12 SLC2A3 7020 40 0.004 0.8 -0.21 19 ZFP36 10522

RUV-4 K = 5

RLE Plots (K = 5)

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values (K = 5)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls) (K = 5)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots (K = 5)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots (K = 5)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 12 15 18 19 21	20 40 60 80 100 13 16 18 19 21	20 40 60 80 100 12 15 18 19 21	20 40 60 80 100 13 16 18 19 21	20 40 60 80 100 13 16 17 19 19

Top-ranked Genes (K = 5)

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 6e-33 7e-29 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 5e-21 3e-17 0.34 Y KDM5D 7630 3 2e-18 8e-15 0.81 Y DDX3Y 8410 4 4e-17 1e-13 0.18 Y TTTY15 6357 5 9e-14 2e-10 0.33 Y USP9Y 5916 6 9e-13 2e-09 0.13 Y CYorf15B 8235 7 2e-12 3e-09 0.26 Y UTY 4494 8 3e-12 4e-09 -0.28 X XIST 8501 9 4e-11 5e-08 0.12 Y NLGN4Y 2932 10 5e-11 6e-08 0.14 Y EIF1AY 10167 11 6e-10 6e-07 0.21 X NA 6403 12 1e-09 1e-06 0.13 X NA 12506 13 3e-08 3e-05 0.065 3 CSTA 9647 14 2e-07 2e-04 0.057 NA NA 4219 15 3e-07 3e-04 0.071 1 KMO 9625 16 4e-07 3e-04 0.13 6 CD24 1246 17 4e-07 3e-04 0.061 10 XPNPEP1 6475 18 5e-07 3e-04 0.066 10 KIN 7827 19 7e-07 5e-04 0.06 2 CD28 2862 20 8e-07 5e-04 0.061 5 LNPEP 5448 21 1e-06 7e-04 0.14 10ptp* NA 2934 22 1e-06 8e-04 0.065 12 MFAP5 6551 23 2e-06 8e-04 0.064 2 SOX11 4587 24 2e-06 8e-04 0.072 5 GTF2H2 9559 25 2e-06 8e-04 0.065 6 FBXL4 10056 26 2e-06 8e-04 0.18 X Y CD99 11219 27 2e-06 9e-04 0.071 1 HS2ST1 10585 28 2e-06 9e-04 0.073 10 SMC3 4783 29 2e-06 9e-04 0.084 6 CRISP3 6501 30 2e-06 9e-04 0.074 11 LUZP2 2361 31 3e-06 0.001 0.069 X HTR2C 3559 32 3e-06 0.001 0.071 NA NA 1280 33 3e-06 0.001 0.061 12 PDE3A 4669 34 3e-06 0.001 0.065 12 SLCO1A2 3560 35 3e-06 0.001 0.062 7 LRRC17 2050 36 3e-06 0.001 0.072 X NXT2 5160 37 4e-06 0.001 0.073 8 RUNX1T1 5669 38 4e-06 0.001 0.066 5 PART1 11136 39 4e-06 0.001 0.056 12 AVPR1A 9015 40 4e-06 0.001 0.058 7 FZD1 8355	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-34 2e-30 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 9e-22 6e-18 0.34 Y KDM5D 7630 3 2e-19 1e-15 0.81 Y DDX3Y 8410 4 3e-17 9e-14 0.18 Y TTTY15 6357 5 3e-14 7e-11 0.33 Y USP9Y 5916 6 6e-13 1e-09 0.26 Y UTY 4494 7 9e-13 2e-09 -0.28 X XIST 8501 8 1e-12 2e-09 0.13 Y CYorf15B 8235 9 4e-11 5e-08 0.14 Y EIF1AY 10167 10 4e-11 5e-08 0.12 Y NLGN4Y 2932 11 3e-10 3e-07 0.21 X NA 6403 12 1e-09 1e-06 0.13 X NA 12506 13 1e-07 1e-04 0.065 3 CSTA 9647 14 3e-07 3e-04 0.13 6 CD24 1246 15 6e-07 5e-04 0.071 1 KMO 9625 16 8e-07 6e-04 0.14 10ptp* NA 2934 17 9e-07 6e-04 0.057 NA NA 4219 18 1e-06 7e-04 0.18 X Y CD99 11219 19 1e-06 7e-04 0.066 10 KIN 7827 20 1e-06 7e-04 0.061 10 XPNPEP1 6475 21 2e-06 0.001 0.06 2 CD28 2862 22 2e-06 0.001 0.061 5 LNPEP 5448 23 2e-06 0.001 0.072 5 GTF2H2 9559 24 2e-06 0.001 0.084 6 CRISP3 6501 25 3e-06 0.001 0.065 12 MFAP5 6551 26 3e-06 0.001 0.073 10 SMC3 4783 27 3e-06 0.001 0.071 1 HS2ST1 10585 28 3e-06 0.001 0.064 2 SOX11 4587 29 3e-06 0.001 0.065 6 FBXL4 10056 30 3e-06 0.001 0.074 11 LUZP2 2361 31 4e-06 0.001 0.071 NA NA 1280 32 4e-06 0.001 0.069 X HTR2C 3559 33 4e-06 0.002 0.072 X NXT2 5160 34 4e-06 0.002 -0.13 X DDX3X 9812 35 5e-06 0.002 0.073 8 RUNX1T1 5669 36 5e-06 0.002 0.065 12 SLCO1A2 3560 37 5e-06 0.002 0.061 12 PDE3A 4669 38 5e-06 0.002 0.062 7 LRRC17 2050 39 5e-06 0.002 0.07 2 MYL1 10228 40 6e-06 0.002 0.066 5 PART1 11136	rank p BH beta chrom sym index 1 4e-27 5e-23 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 2e-16 1e-12 0.34 Y KDM5D 7630 3 3e-14 1e-10 0.81 Y DDX3Y 8410 4 4e-13 1e-09 0.18 Y TTTY15 6357 5 2e-10 5e-07 0.33 Y USP9Y 5916 6 1e-09 3e-06 0.13 Y CYorf15B 8235 7 2e-09 4e-06 0.26 Y UTY 4494 8 3e-09 5e-06 -0.28 X XIST 8501 9 2e-08 3e-05 0.12 Y NLGN4Y 2932 10 3e-08 4e-05 0.14 Y EIF1AY 10167 11 2e-07 2e-04 0.21 X NA 6403 12 4e-07 4e-04 0.13 X NA 12506 13 4e-06 0.004 0.065 3 CSTA 9647 14 2e-05 0.02 0.057 NA NA 4219 15 2e-05 0.02 0.071 1 KMO 9625 16 3e-05 0.02 0.13 6 CD24 1246 17 3e-05 0.02 0.061 10 XPNPEP1 6475 18 3e-05 0.02 0.066 10 KIN 7827 19 4e-05 0.03 0.06 2 CD28 2862 20 4e-05 0.03 0.061 5 LNPEP 5448 21 6e-05 0.04 0.14 10ptp* NA 2934 22 6e-05 0.04 0.065 12 MFAP5 6551 23 7e-05 0.04 0.064 2 SOX11 4587 24 7e-05 0.04 0.072 5 GTF2H2 9559 25 7e-05 0.04 0.065 6 FBXL4 10056 26 7e-05 0.04 0.18 X Y CD99 11219 27 8e-05 0.04 0.071 1 HS2ST1 10585 28 8e-05 0.04 0.073 10 SMC3 4783 29 9e-05 0.04 0.084 6 CRISP3 6501 30 9e-05 0.04 0.074 11 LUZP2 2361 31 1e-04 0.04 0.069 X HTR2C 3559 32 1e-04 0.04 0.071 NA NA 1280 33 1e-04 0.04 0.061 12 PDE3A 4669 34 1e-04 0.04 0.065 12 SLCO1A2 3560 35 1e-04 0.04 0.062 7 LRRC17 2050 36 1e-04 0.04 0.072 X NXT2 5160 37 1e-04 0.04 0.073 8 RUNX1T1 5669 38 1e-04 0.04 0.066 5 PART1 11136 39 1e-04 0.04 0.056 12 AVPR1A 9015 40 1e-04 0.04 0.058 7 FZD1 8355	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-28 4e-24 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 8e-17 5e-13 0.34 Y KDM5D 7630 3 9e-15 4e-11 0.81 Y DDX3Y 8410 4 5e-13 2e-09 0.18 Y TTTY15 6357 5 1e-10 3e-07 0.33 Y USP9Y 5916 6 1e-09 3e-06 0.26 Y UTY 4494 7 2e-09 3e-06 -0.28 X XIST 8501 8 2e-09 3e-06 0.13 Y CYorf15B 8235 9 3e-08 4e-05 0.14 Y EIF1AY 10167 10 4e-08 4e-05 0.12 Y NLGN4Y 2932 11 1e-07 2e-04 0.21 X NA 6403 12 4e-07 4e-04 0.13 X NA 12506 13 1e-05 0.01 0.065 3 CSTA 9647 14 2e-05 0.02 0.13 6 CD24 1246 15 4e-05 0.03 0.071 1 KMO 9625 16 5e-05 0.04 0.14 10ptp* NA 2934 17 5e-05 0.04 0.057 NA NA 4219 18 6e-05 0.04 0.18 X Y CD99 11219 19 6e-05 0.04 0.066 10 KIN 7827 20 6e-05 0.04 0.061 10 XPNPEP1 6475 21 9e-05 0.05 0.06 2 CD28 2862 22 9e-05 0.05 0.061 5 LNPEP 5448 23 1e-04 0.05 0.072 5 GTF2H2 9559 24 1e-04 0.05 0.084 6 CRISP3 6501 25 1e-04 0.05 0.065 12 MFAP5 6551 26 1e-04 0.05 0.073 10 SMC3 4783 27 1e-04 0.05 0.071 1 HS2ST1 10585 28 1e-04 0.05 0.064 2 SOX11 4587 29 1e-04 0.05 0.065 6 FBXL4 10056 30 1e-04 0.05 0.074 11 LUZP2 2361 31 2e-04 0.06 0.071 NA NA 1280 32 2e-04 0.06 0.069 X HTR2C 3559 33 2e-04 0.06 0.072 X NXT2 5160 34 2e-04 0.06 -0.13 X DDX3X 9812 35 2e-04 0.06 0.073 8 RUNX1T1 5669 36 2e-04 0.06 0.065 12 SLCO1A2 3560 37 2e-04 0.06 0.061 12 PDE3A 4669 38 2e-04 0.06 0.062 7 LRRC17 2050 39 2e-04 0.06 0.07 2 MYL1 10228 40 2e-04 0.06 0.066 5 PART1 11136	rank p BH beta chrom sym index 1 6e-68 8e-64 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 2e-26 2e-22 0.81 Y DDX3Y 8410 3 1e-24 6e-21 0.34 Y KDM5D 7630 4 1e-14 4e-11 0.33 Y USP9Y 5916 5 5e-14 1e-10 0.26 Y UTY 4494 6 2e-13 4e-10 -0.28 X XIST 8501 7 2e-10 3e-07 0.21 X NA 6403 8 7e-08 1e-04 0.18 Y TTTY15 6357 9 3e-06 0.004 0.18 X Y CD99 11219 10 1e-05 0.02 0.14 10ptp* NA 2934 11 3e-05 0.03 0.14 Y EIF1AY 10167 12 4e-05 0.04 0.18 7 PTN 1214 13 5e-05 0.05 0.13 6 CD24 1246 14 6e-05 0.06 0.13 Y CYorf15B 8235 15 7e-05 0.06 0.18 5 GABRA6 4038 16 8e-05 0.06 -0.15 19 PIN1 10495 17 1e-04 0.08 0.13 X NA 12506 18 1e-04 0.08 -0.13 3 ABCC5 1012 19 1e-04 0.1 -0.13 X DDX3X 9812 20 2e-04 0.1 0.12 2 NCL 2588 21 2e-04 0.1 0.12 Y NLGN4Y 2932 22 3e-04 0.2 -0.16 11 IFITM1 12214 23 8e-04 0.5 -0.61 11 HBB 2045 24 0.001 0.6 -0.19 10 SNCG 6593 25 0.001 0.7 0.17 X Y SLC25A6 10509 26 0.001 0.7 0.11 4 KIAA0746 11669 27 0.002 0.7 0.1 13 EDNRB 218 28 0.002 0.7 -0.12 19 PNPLA6 4895 29 0.002 0.7 -0.12 20 ATP9A 5862 30 0.002 0.8 -0.21 X NA 4293 31 0.002 0.9 0.1 19 TNNT1 6147 32 0.002 0.9 0.18 17 ATP1B2 7314 33 0.003 0.9 0.1 11 PIK3C2A 6547 34 0.003 0.9 -0.099 7 POLD2 508 35 0.003 0.9 -0.099 19 MBOAT7 891 36 0.003 0.9 0.097 1 AK3L1 2327 37 0.004 0.9 0.12 13 MAB21L1 9360 38 0.004 0.9 0.13 9 ALDH1A1 7057 39 0.004 0.9 0.096 4 FAT1 10528 40 0.004 0.9 0.096 16nomo1 NA 3421

RUV-4 K = 10

RLE Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2

Y	Y_c

P-values (K = 10)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls) (K = 10)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots (K = 10)

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 16 21 21 23 25	20 40 60 80 100 17 21 21 23 24	20 40 60 80 100 16 21 21 23 25	20 40 60 80 100 17 21 21 23 24	20 40 60 80 100 16 21 22 25 26

Top-ranked Genes (K = 10)

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 5e-32 6e-28 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 7e-24 5e-20 0.35 Y KDM5D 7630 3 3e-17 1e-13 0.79 Y DDX3Y 8410 4 9e-15 3e-11 -0.31 X XIST 8501 5 6e-14 1e-10 0.2 X Y CD99 11219 6 6e-14 1e-10 0.14 Y TTTY15 6357 7 3e-13 5e-10 0.25 Y UTY 4494 8 6e-13 9e-10 0.31 Y USP9Y 5916 9 8e-11 1e-07 0.12 Y CYorf15B 8235 10 2e-09 2e-06 0.19 X NA 6403 11 4e-09 5e-06 0.1 Y EIF1AY 10167 12 6e-09 6e-06 0.098 Y NLGN4Y 2932 13 1e-08 1e-05 0.095 X NA 12506 14 4e-07 3e-04 -0.11 X DDX3X 9812 15 1e-06 0.001 0.18 X Y SLC25A6 10509 16 2e-06 0.001 -0.091 1 FDPS 7370 17 2e-06 0.001 0.15 21 SH3BGR 6073 18 3e-06 0.002 0.14 X Y SLC25A6 10510 19 3e-06 0.002 -0.084 11hbg NA 8641 20 4e-06 0.002 -0.66 11 HBB 2045 21 4e-06 0.002 -0.15 X RPS4X 4662 22 5e-06 0.003 0.084 19 TNNT1 6147 23 7e-06 0.004 0.11 3 RAB5A 6144 24 8e-06 0.004 0.089 X Y ASMTL 6591 25 8e-06 0.004 0.23 5 SLC1A3 6648 26 9e-06 0.004 -0.64 16hba1 NA 1513 27 9e-06 0.004 -0.062 X HDHD1A 7758 28 9e-06 0.004 -0.1 3 ABCC5 1012 29 1e-05 0.005 0.092 X Y GTPBP6 11189 30 1e-05 0.005 0.11 6 CD24 1246 31 2e-05 0.006 0.051 1 HS2ST1 10585 32 2e-05 0.007 0.093 2 NTSR2 3014 33 2e-05 0.007 0.056 3 KCNAB1 2711 34 2e-05 0.007 0.13 2 NCL 2588 35 2e-05 0.009 -0.14 11 IFITM1 12214 36 3e-05 0.01 0.069 Y PRKY 10100 37 3e-05 0.01 0.15 7 PTPRZ1 392 38 3e-05 0.01 -0.11 7 POLD2 508 39 4e-05 0.01 0.17 3 RHOA 7354 40 4e-05 0.01 0.26 19 APOE 12147	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-34 4e-30 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 4e-25 3e-21 0.35 Y KDM5D 7630 3 2e-18 1e-14 0.79 Y DDX3Y 8410 4 1e-15 4e-12 -0.31 X XIST 8501 5 1e-14 4e-11 0.2 X Y CD99 11219 6 3e-14 6e-11 0.14 Y TTTY15 6357 7 6e-14 1e-10 0.25 Y UTY 4494 8 1e-13 2e-10 0.31 Y USP9Y 5916 9 5e-11 7e-08 0.12 Y CYorf15B 8235 10 5e-10 7e-07 0.19 X NA 6403 11 3e-09 4e-06 0.1 Y EIF1AY 10167 12 5e-09 5e-06 0.098 Y NLGN4Y 2932 13 1e-08 1e-05 0.095 X NA 12506 14 2e-07 2e-04 -0.11 X DDX3X 9812 15 7e-07 6e-04 0.18 X Y SLC25A6 10509 16 9e-07 7e-04 0.15 21 SH3BGR 6073 17 1e-06 8e-04 -0.091 1 FDPS 7370 18 1e-06 0.001 0.14 X Y SLC25A6 10510 19 2e-06 0.001 -0.66 11 HBB 2045 20 2e-06 0.001 -0.15 X RPS4X 4662 21 2e-06 0.001 -0.084 11hbg NA 8641 22 4e-06 0.002 0.084 19 TNNT1 6147 23 4e-06 0.002 0.23 5 SLC1A3 6648 24 4e-06 0.002 -0.64 16hba1 NA 1513 25 4e-06 0.002 0.11 3 RAB5A 6144 26 6e-06 0.003 0.089 X Y ASMTL 6591 27 6e-06 0.003 -0.1 3 ABCC5 1012 28 8e-06 0.004 0.11 6 CD24 1246 29 9e-06 0.004 0.092 X Y GTPBP6 11189 30 1e-05 0.004 -0.062 X HDHD1A 7758 31 1e-05 0.005 0.13 2 NCL 2588 32 1e-05 0.005 0.093 2 NTSR2 3014 33 1e-05 0.005 -0.14 11 IFITM1 12214 34 2e-05 0.007 0.15 7 PTPRZ1 392 35 2e-05 0.007 0.17 3 RHOA 7354 36 2e-05 0.007 -0.11 7 POLD2 508 37 2e-05 0.008 0.26 19 APOE 12147 38 2e-05 0.008 0.056 3 KCNAB1 2711 39 2e-05 0.008 0.051 1 HS2ST1 10585 40 3e-05 0.009 0.069 Y PRKY 10100	rank p BH beta chrom sym index 1 2e-25 3e-21 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 4e-18 3e-14 0.35 Y KDM5D 7630 3 1e-12 6e-09 0.79 Y DDX3Y 8410 4 1e-10 4e-07 -0.31 X XIST 8501 5 5e-10 1e-06 0.2 X Y CD99 11219 6 5e-10 1e-06 0.14 Y TTTY15 6357 7 2e-09 3e-06 0.25 Y UTY 4494 8 3e-09 5e-06 0.31 Y USP9Y 5916 9 1e-07 2e-04 0.12 Y CYorf15B 8235 10 1e-06 0.001 0.19 X NA 6403 11 2e-06 0.003 0.1 Y EIF1AY 10167 12 3e-06 0.003 0.098 Y NLGN4Y 2932 13 5e-06 0.005 0.095 X NA 12506 14 5e-05 0.04 -0.11 X DDX3X 9812 15 1e-04 0.1 0.18 X Y SLC25A6 10509 16 1e-04 0.1 -0.091 1 FDPS 7370 17 1e-04 0.1 0.15 21 SH3BGR 6073 18 2e-04 0.1 0.14 X Y SLC25A6 10510 19 2e-04 0.1 -0.084 11hbg NA 8641 20 2e-04 0.1 -0.66 11 HBB 2045 21 2e-04 0.1 -0.15 X RPS4X 4662 22 3e-04 0.2 0.084 19 TNNT1 6147 23 4e-04 0.2 0.11 3 RAB5A 6144 24 4e-04 0.2 0.089 X Y ASMTL 6591 25 4e-04 0.2 0.23 5 SLC1A3 6648 26 4e-04 0.2 -0.64 16hba1 NA 1513 27 4e-04 0.2 -0.062 X HDHD1A 7758 28 4e-04 0.2 -0.1 3 ABCC5 1012 29 5e-04 0.2 0.092 X Y GTPBP6 11189 30 6e-04 0.2 0.11 6 CD24 1246 31 6e-04 0.3 0.051 1 HS2ST1 10585 32 7e-04 0.3 0.093 2 NTSR2 3014 33 7e-04 0.3 0.056 3 KCNAB1 2711 34 7e-04 0.3 0.13 2 NCL 2588 35 8e-04 0.3 -0.14 11 IFITM1 12214 36 0.001 0.3 0.069 Y PRKY 10100 37 0.001 0.3 0.15 7 PTPRZ1 392 38 0.001 0.3 -0.11 7 POLD2 508 39 0.001 0.4 0.17 3 RHOA 7354 40 0.001 0.4 0.26 19 APOE 12147	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-26 2e-22 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 1e-18 7e-15 0.35 Y KDM5D 7630 3 4e-13 2e-09 0.79 Y DDX3Y 8410 4 6e-11 2e-07 -0.31 X XIST 8501 5 3e-10 9e-07 0.2 X Y CD99 11219 6 6e-10 1e-06 0.14 Y TTTY15 6357 7 1e-09 2e-06 0.25 Y UTY 4494 8 2e-09 2e-06 0.31 Y USP9Y 5916 9 1e-07 2e-04 0.12 Y CYorf15B 8235 10 7e-07 9e-04 0.19 X NA 6403 11 3e-06 0.003 0.1 Y EIF1AY 10167 12 3e-06 0.004 0.098 Y NLGN4Y 2932 13 6e-06 0.006 0.095 X NA 12506 14 5e-05 0.04 -0.11 X DDX3X 9812 15 1e-04 0.08 0.18 X Y SLC25A6 10509 16 1e-04 0.09 0.15 21 SH3BGR 6073 17 1e-04 0.1 -0.091 1 FDPS 7370 18 2e-04 0.1 0.14 X Y SLC25A6 10510 19 2e-04 0.1 -0.66 11 HBB 2045 20 2e-04 0.1 -0.15 X RPS4X 4662 21 2e-04 0.1 -0.084 11hbg NA 8641 22 3e-04 0.2 0.084 19 TNNT1 6147 23 3e-04 0.2 0.23 5 SLC1A3 6648 24 3e-04 0.2 -0.64 16hba1 NA 1513 25 3e-04 0.2 0.11 3 RAB5A 6144 26 4e-04 0.2 0.089 X Y ASMTL 6591 27 4e-04 0.2 -0.1 3 ABCC5 1012 28 5e-04 0.2 0.11 6 CD24 1246 29 5e-04 0.2 0.092 X Y GTPBP6 11189 30 6e-04 0.2 -0.062 X HDHD1A 7758 31 6e-04 0.3 0.13 2 NCL 2588 32 7e-04 0.3 0.093 2 NTSR2 3014 33 7e-04 0.3 -0.14 11 IFITM1 12214 34 8e-04 0.3 0.15 7 PTPRZ1 392 35 9e-04 0.3 0.17 3 RHOA 7354 36 9e-04 0.3 -0.11 7 POLD2 508 37 0.001 0.3 0.26 19 APOE 12147 38 0.001 0.3 0.056 3 KCNAB1 2711 39 0.001 0.3 0.051 1 HS2ST1 10585 40 0.001 0.4 0.069 Y PRKY 10100	rank p BH beta chrom sym index 1 2e-34 2e-30 1.2 Y RPS4Y1 11296 2 1e-29 8e-26 0.35 Y KDM5D 7630 3 8e-16 3e-12 0.2 X Y CD99 11219 4 5e-15 2e-11 0.14 Y TTTY15 6357 5 6e-12 1e-08 0.79 Y DDX3Y 8410 6 6e-11 1e-07 0.12 Y CYorf15B 8235 7 6e-10 1e-06 0.31 Y USP9Y 5916 8 1e-09 2e-06 0.25 Y UTY 4494 9 1e-09 2e-06 -0.31 X XIST 8501 10 3e-09 3e-06 0.098 Y NLGN4Y 2932 11 9e-09 1e-05 0.095 X NA 12506 12 2e-08 2e-05 0.1 Y EIF1AY 10167 13 4e-06 0.004 0.19 X NA 6403 14 6e-06 0.005 -0.091 1 FDPS 7370 15 2e-05 0.01 -0.11 X DDX3X 9812 16 2e-05 0.02 0.084 19 TNNT1 6147 17 2e-05 0.02 -0.084 11hbg NA 8641 18 2e-05 0.02 0.089 X Y ASMTL 6591 19 7e-05 0.05 -0.1 3 ABCC5 1012 20 8e-05 0.05 -0.062 X HDHD1A 7758 21 1e-04 0.07 0.064 6 CRISP3 6501 22 1e-04 0.08 0.069 Y PRKY 10100 23 2e-04 0.1 0.079 4 RCHY1 6079 24 3e-04 0.1 0.092 X Y GTPBP6 11189 25 3e-04 0.1 0.093 2 NTSR2 3014 26 3e-04 0.1 0.11 6 CD24 1246 27 3e-04 0.1 0.18 X Y SLC25A6 10509 28 3e-04 0.1 0.075 2 SH3YL1 3906 29 3e-04 0.1 -0.15 X RPS4X 4662 30 4e-04 0.1 0.056 3 KCNAB1 2711 31 4e-04 0.1 0.11 3 RAB5A 6144 32 4e-04 0.2 0.15 21 SH3BGR 6073 33 4e-04 0.2 -0.11 7 POLD2 508 34 6e-04 0.2 0.057 3 NCBP2 2790 35 6e-04 0.2 0.051 1 HS2ST1 10585 36 6e-04 0.2 0.14 X Y SLC25A6 10510 37 7e-04 0.2 0.063 22gg* NA 12254 38 7e-04 0.2 0.056 16 CREBBP 3842 39 7e-04 0.2 0.067 19 AXL 8488 40 9e-04 0.3 0.053 7 PION 11796

RUV-inv

P-values

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 14 18 23 23 26	20 40 60 80 100 13 17 21 23 23	20 40 60 80 100 14 18 23 23 26	20 40 60 80 100 13 17 21 23 23	20 40 60 80 100 12 19 22 24 26

Top-ranked Genes

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 7e-16 8e-12 0.98 Y RPS4Y1 11296 2 3e-11 2e-07 -0.2 X RPS4X 4662 3 3e-10 1e-06 0.16 X Y CD99 11219 4 5e-10 2e-06 0.26 Y KDM5D 7630 5 1e-08 3e-05 0.18 3 RHOA 7354 6 3e-08 6e-05 0.13 X Y SLC25A6 10510 7 3e-08 6e-05 0.12 Y TTTY15 6357 8 4e-08 6e-05 0.54 Y DDX3Y 8410 9 7e-08 1e-04 -0.24 X XIST 8501 10 2e-07 2e-04 0.22 Y USP9Y 5916 11 8e-07 8e-04 0.11 Y CYorf15B 8235 12 8e-07 8e-04 0.17 X Y SLC25A6 10509 13 2e-06 0.002 0.18 Y UTY 4494 14 2e-06 0.002 -0.12 X DDX3X 9812 15 3e-06 0.002 0.11 16nomo1 NA 3421 16 7e-06 0.005 0.15 5 SLC1A3 6648 17 7e-06 0.005 -0.52 11 HBB 1676 18 7e-06 0.005 0.091 X Y GTPBP6 11189 19 1e-05 0.007 -0.14 1 PDE4DIP 3370 20 1e-05 0.008 -0.086 11hbg NA 8641 21 1e-05 0.008 -0.12 22 GSTT1 7266 22 2e-05 0.009 -0.54 11 HBB 2045 23 2e-05 0.01 0.15 16 CRYM 8339 24 2e-05 0.01 0.13 X NA 6403 25 3e-05 0.02 -0.096 7 POLD2 508 26 4e-05 0.02 0.056 13 UCHL3 7288 27 4e-05 0.02 0.091 X Y ASMTL 6591 28 4e-05 0.02 -0.064 X EIF2S3 295 29 4e-05 0.02 -0.47 16hba1 NA 1513 30 4e-05 0.02 0.081 1 CDC2L2 3306 31 6e-05 0.02 -0.092 22 GSTT1 7647 32 6e-05 0.03 0.093 4 LRPAP1 6228 33 7e-05 0.03 0.14 3 GAP43 7763 34 7e-05 0.03 0.087 X NA 12506 35 7e-05 0.03 -0.14 7 CNTNAP2 7198 36 9e-05 0.03 -0.074 19 ZNF146 6970 37 9e-05 0.03 0.085 10ak* NA 2806 38 1e-04 0.03 0.12 20 ProSAPiP1 8302 39 1e-04 0.03 0.23 7 DPP6 5709 40 1e-04 0.03 0.092 9 BRD3 7998	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-24 1e-20 0.98 Y RPS4Y1 11296 2 1e-14 7e-11 -0.2 X RPS4X 4662 3 4e-14 2e-10 0.26 Y KDM5D 7630 4 1e-12 4e-09 0.16 X Y CD99 11219 5 3e-12 7e-09 0.54 Y DDX3Y 8410 6 2e-11 3e-08 0.18 3 RHOA 7354 7 4e-11 7e-08 -0.24 X XIST 8501 8 2e-10 3e-07 0.22 Y USP9Y 5916 9 7e-10 1e-06 0.13 X Y SLC25A6 10510 10 2e-09 3e-06 0.12 Y TTTY15 6357 11 3e-09 4e-06 0.17 X Y SLC25A6 10509 12 1e-08 1e-05 0.18 Y UTY 4494 13 1e-08 1e-05 -0.52 11 HBB 1676 14 4e-08 3e-05 -0.54 11 HBB 2045 15 7e-08 6e-05 0.11 Y CYorf15B 8235 16 8e-08 6e-05 -0.12 X DDX3X 9812 17 8e-08 6e-05 0.15 5 SLC1A3 6648 18 1e-07 9e-05 0.11 16nomo1 NA 3421 19 2e-07 1e-04 -0.14 1 PDE4DIP 3370 20 2e-07 1e-04 -0.47 16hba1 NA 1513 21 3e-07 2e-04 0.15 16 CRYM 8339 22 4e-07 2e-04 -0.12 22 GSTT1 7266 23 5e-07 3e-04 0.13 X NA 6403 24 1e-06 6e-04 0.23 7 DPP6 5709 25 1e-06 7e-04 0.091 X Y GTPBP6 11189 26 2e-06 8e-04 0.14 3 GAP43 7763 27 2e-06 9e-04 -0.14 7 CNTNAP2 7198 28 3e-06 0.001 -0.086 11hbg NA 8641 29 4e-06 0.002 -0.16 22 NEFH 3777 30 4e-06 0.002 -0.096 7 POLD2 508 31 4e-06 0.002 0.12 20 ProSAPiP1 8302 32 6e-06 0.002 0.091 X Y ASMTL 6591 33 8e-06 0.003 -0.092 22 GSTT1 7647 34 8e-06 0.003 0.28 10 VIM 4104 35 8e-06 0.003 0.093 4 LRPAP1 6228 36 1e-05 0.004 0.087 X NA 12506 37 1e-05 0.004 0.14 19 APOE 12147 38 1e-05 0.004 0.081 1 CDC2L2 3306 39 1e-05 0.004 -0.096 17 FASN 8484 40 1e-05 0.004 0.092 9 BRD3 7998	rank p BH beta chrom sym index 1 2e-12 3e-08 0.98 Y RPS4Y1 11296 2 3e-08 2e-04 -0.2 X RPS4X 4662 3 2e-07 9e-04 0.16 X Y CD99 11219 4 3e-07 0.001 0.26 Y KDM5D 7630 5 3e-06 0.008 0.18 3 RHOA 7354 6 9e-06 0.02 0.13 X Y SLC25A6 10510 7 9e-06 0.02 0.12 Y TTTY15 6357 8 1e-05 0.02 0.54 Y DDX3Y 8410 9 2e-05 0.02 -0.24 X XIST 8501 10 3e-05 0.04 0.22 Y USP9Y 5916 11 9e-05 0.1 0.11 Y CYorf15B 8235 12 9e-05 0.1 0.17 X Y SLC25A6 10509 13 2e-04 0.2 0.18 Y UTY 4494 14 2e-04 0.2 -0.12 X DDX3X 9812 15 2e-04 0.2 0.11 16nomo1 NA 3421 16 4e-04 0.3 0.15 5 SLC1A3 6648 17 4e-04 0.3 -0.52 11 HBB 1676 18 5e-04 0.3 0.091 X Y GTPBP6 11189 19 6e-04 0.4 -0.14 1 PDE4DIP 3370 20 7e-04 0.4 -0.086 11hbg NA 8641 21 7e-04 0.4 -0.12 22 GSTT1 7266 22 8e-04 0.5 -0.54 11 HBB 2045 23 9e-04 0.5 0.15 16 CRYM 8339 24 0.001 0.5 0.13 X NA 6403 25 0.001 0.7 -0.096 7 POLD2 508 26 0.001 0.7 0.056 13 UCHL3 7288 27 0.002 0.7 0.091 X Y ASMTL 6591 28 0.002 0.7 -0.064 X EIF2S3 295 29 0.002 0.7 -0.47 16hba1 NA 1513 30 0.002 0.7 0.081 1 CDC2L2 3306 31 0.002 0.8 -0.092 22 GSTT1 7647 32 0.002 0.8 0.093 4 LRPAP1 6228 33 0.002 0.8 0.14 3 GAP43 7763 34 0.002 0.8 0.087 X NA 12506 35 0.002 0.8 -0.14 7 CNTNAP2 7198 36 0.003 0.9 -0.074 19 ZNF146 6970 37 0.003 0.9 0.085 10ak* NA 2806 38 0.003 0.9 0.12 20 ProSAPiP1 8302 39 0.003 0.9 0.23 7 DPP6 5709 40 0.003 0.9 0.092 9 BRD3 7998	rank p BH beta chrom sym index 1 6e-19 8e-15 0.98 Y RPS4Y1 11296 2 3e-10 2e-06 -0.2 X RPS4X 4662 3 8e-10 4e-06 0.26 Y KDM5D 7630 4 1e-08 4e-05 0.16 X Y CD99 11219 5 2e-08 6e-05 0.54 Y DDX3Y 8410 6 9e-08 2e-04 0.18 3 RHOA 7354 7 2e-07 3e-04 -0.24 X XIST 8501 8 5e-07 8e-04 0.22 Y USP9Y 5916 9 1e-06 0.002 0.13 X Y SLC25A6 10510 10 3e-06 0.004 0.12 Y TTTY15 6357 11 4e-06 0.005 0.17 X Y SLC25A6 10509 12 9e-06 0.009 0.18 Y UTY 4494 13 9e-06 0.009 -0.52 11 HBB 1676 14 2e-05 0.02 -0.54 11 HBB 2045 15 3e-05 0.03 0.11 Y CYorf15B 8235 16 4e-05 0.03 -0.12 X DDX3X 9812 17 4e-05 0.03 0.15 5 SLC1A3 6648 18 5e-05 0.04 0.11 16nomo1 NA 3421 19 6e-05 0.04 -0.14 1 PDE4DIP 3370 20 7e-05 0.04 -0.47 16hba1 NA 1513 21 8e-05 0.05 0.15 16 CRYM 8339 22 1e-04 0.06 -0.12 22 GSTT1 7266 23 1e-04 0.07 0.13 X NA 6403 24 2e-04 0.1 0.23 7 DPP6 5709 25 3e-04 0.1 0.091 X Y GTPBP6 11189 26 3e-04 0.1 0.14 3 GAP43 7763 27 3e-04 0.1 -0.14 7 CNTNAP2 7198 28 4e-04 0.2 -0.086 11hbg NA 8641 29 5e-04 0.2 -0.16 22 NEFH 3777 30 5e-04 0.2 -0.096 7 POLD2 508 31 5e-04 0.2 0.12 20 ProSAPiP1 8302 32 6e-04 0.3 0.091 X Y ASMTL 6591 33 7e-04 0.3 -0.092 22 GSTT1 7647 34 8e-04 0.3 0.28 10 VIM 4104 35 8e-04 0.3 0.093 4 LRPAP1 6228 36 0.001 0.3 0.087 X NA 12506 37 0.001 0.3 0.14 19 APOE 12147 38 0.001 0.3 0.081 1 CDC2L2 3306 39 0.001 0.3 -0.096 17 FASN 8484 40 0.001 0.3 0.092 9 BRD3 7998	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-20 1e-16 -0.2 X RPS4X 4662 2 3e-19 2e-15 0.16 X Y CD99 11219 3 4e-13 2e-09 0.13 X Y SLC25A6 10510 4 8e-12 3e-08 0.12 Y TTTY15 6357 5 3e-11 8e-08 0.98 Y RPS4Y1 11296 6 4e-10 9e-07 0.18 3 RHOA 7354 7 6e-10 1e-06 0.26 Y KDM5D 7630 8 2e-09 3e-06 0.11 Y CYorf15B 8235 9 5e-08 8e-05 -0.12 X DDX3X 9812 10 2e-07 2e-04 0.11 16nomo1 NA 3421 11 3e-07 3e-04 0.091 X Y GTPBP6 11189 12 1e-06 0.001 -0.086 11hbg NA 8641 13 2e-06 0.002 -0.24 X XIST 8501 14 4e-06 0.004 0.081 1 CDC2L2 3306 15 5e-06 0.004 0.17 X Y SLC25A6 10509 16 1e-05 0.008 -0.096 7 POLD2 508 17 2e-05 0.01 -0.074 19 ZNF146 6970 18 2e-05 0.01 0.22 Y USP9Y 5916 19 2e-05 0.02 -0.092 22 GSTT1 7647 20 2e-05 0.02 0.093 4 LRPAP1 6228 21 3e-05 0.02 0.071 Y NLGN4Y 2932 22 3e-05 0.02 -0.08 11 IFITM1 12214 23 3e-05 0.02 0.091 X Y ASMTL 6591 24 3e-05 0.02 -0.074 19 SEPW1 9777 25 3e-05 0.02 0.075 14 CKB 10941 26 4e-05 0.02 -0.12 22 GSTT1 7266 27 5e-05 0.02 0.069 X Y ZBED1 9230 28 5e-05 0.02 0.077 X Y ASMTL 6592 29 6e-05 0.02 0.087 X NA 12506 30 6e-05 0.02 -0.064 X EIF2S3 295 31 6e-05 0.02 0.056 13 UCHL3 7288 32 7e-05 0.03 0.15 5 SLC1A3 6648 33 8e-05 0.03 0.067 Y EIF1AY 10167 34 9e-05 0.03 0.085 10ak* NA 2806 35 1e-04 0.03 0.066 13 UPF3A 9193 36 1e-04 0.04 -0.058 15 GCHFR 10760 37 1e-04 0.04 0.085 NA NA 11325 38 1e-04 0.04 0.075 19 GPX4 3943 39 1e-04 0.05 0.082 1 CDC42 12497 40 2e-04 0.05 -0.092 20 ATP9A 5862

RUV-rinv

P-values

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

P-values (Controls)

  Rows 1 2 3

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Projection Plots

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Variance Plots

  Rows 1

  Columns 1 2 3 4 5 6

Standard Coloring	standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar

Number of Top-ranked Positive Controls

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
20 40 60 80 100 14 22 24 25 28	20 40 60 80 100 14 20 24 26 27	20 40 60 80 100 14 22 24 25 28	20 40 60 80 100 14 20 24 26 27	20 40 60 80 100 16 23 25 27 28

Top-ranked Genes

  Columns 1 2 3 4 5

standard	ebayes	rsvar	rsvar ebayes	evar
rank p BH beta chrom sym index 1 3e-23 3e-19 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 8e-16 5e-12 0.3 Y KDM5D 7630 3 3e-14 1e-10 -0.19 X RPS4X 4662 4 3e-13 9e-10 0.18 X Y CD99 11219 5 2e-11 4e-08 0.64 Y DDX3Y 8410 6 2e-11 4e-08 -0.27 X XIST 8501 7 6e-11 1e-07 0.26 Y USP9Y 5916 8 2e-10 3e-07 0.13 Y TTTY15 6357 9 3e-10 4e-07 0.2 3 RHOA 7354 10 4e-10 5e-07 0.13 X Y SLC25A6 10510 11 2e-09 3e-06 0.17 X Y SLC25A6 10509 12 3e-09 3e-06 0.11 Y CYorf15B 8235 13 3e-09 3e-06 0.21 Y UTY 4494 14 2e-08 2e-05 0.12 16nomo1 NA 3421 15 5e-08 4e-05 -0.12 X DDX3X 9812 16 5e-08 4e-05 -0.15 1 PDE4DIP 3370 17 1e-07 1e-04 -0.59 11 HBB 1676 18 2e-07 1e-04 -0.61 11 HBB 2045 19 3e-07 2e-04 -0.091 11hbg NA 8641 20 4e-07 2e-04 0.099 X Y ASMTL 6591 21 4e-07 3e-04 -0.55 16hba1 NA 1513 22 5e-07 3e-04 0.15 X NA 6403 23 5e-07 3e-04 -0.13 22 GSTT1 7266 24 5e-07 3e-04 0.096 X Y GTPBP6 11189 25 7e-07 3e-04 0.091 X NA 12506 26 2e-06 0.001 -0.097 7 POLD2 508 27 3e-06 0.001 0.17 5 SLC1A3 6648 28 4e-06 0.002 0.08 Y NLGN4Y 2932 29 4e-06 0.002 0.14 16 CRYM 8339 30 5e-06 0.002 0.076 Y EIF1AY 10167 31 6e-06 0.002 -0.059 X EIF2S3 295 32 7e-06 0.003 0.085 X Y ASMTL 6592 33 1e-05 0.004 0.063 6 HBS1L 4252 34 1e-05 0.005 -0.1 22 GSTT1 7647 35 1e-05 0.005 -0.14 7 CNTNAP2 7198 36 1e-05 0.005 0.073 X Y ZBED1 9230 37 2e-05 0.005 0.088 1 CDC2L2 3306 38 2e-05 0.005 -0.096 11 IFITM1 12214 39 2e-05 0.006 0.14 3 GAP43 7763 40 2e-05 0.007 0.1 21 SH3BGR 6073	rank p BH beta chrom sym index 1 9e-29 1e-24 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 9e-19 6e-15 0.3 Y KDM5D 7630 3 4e-16 2e-12 -0.19 X RPS4X 4662 4 7e-15 2e-11 0.18 X Y CD99 11219 5 4e-14 1e-10 0.64 Y DDX3Y 8410 6 1e-13 3e-10 -0.27 X XIST 8501 7 6e-13 1e-09 0.26 Y USP9Y 5916 8 6e-12 9e-09 0.2 3 RHOA 7354 9 2e-11 3e-08 0.13 Y TTTY15 6357 10 4e-11 5e-08 0.13 X Y SLC25A6 10510 11 7e-11 8e-08 0.21 Y UTY 4494 12 9e-11 1e-07 0.17 X Y SLC25A6 10509 13 7e-10 7e-07 0.11 Y CYorf15B 8235 14 3e-09 2e-06 0.12 16nomo1 NA 3421 15 3e-09 3e-06 -0.59 11 HBB 1676 16 4e-09 3e-06 -0.15 1 PDE4DIP 3370 17 4e-09 3e-06 -0.61 11 HBB 2045 18 6e-09 4e-06 -0.12 X DDX3X 9812 19 2e-08 1e-05 -0.55 16hba1 NA 1513 20 4e-08 3e-05 0.15 X NA 6403 21 6e-08 4e-05 -0.13 22 GSTT1 7266 22 1e-07 6e-05 0.099 X Y ASMTL 6591 23 1e-07 7e-05 -0.091 11hbg NA 8641 24 2e-07 9e-05 0.096 X Y GTPBP6 11189 25 3e-07 1e-04 0.091 X NA 12506 26 3e-07 1e-04 0.17 5 SLC1A3 6648 27 5e-07 2e-04 0.14 16 CRYM 8339 28 6e-07 3e-04 -0.097 7 POLD2 508 29 2e-06 9e-04 0.08 Y NLGN4Y 2932 30 2e-06 9e-04 -0.14 7 CNTNAP2 7198 31 3e-06 0.001 0.085 X Y ASMTL 6592 32 3e-06 0.001 0.14 3 GAP43 7763 33 3e-06 0.001 0.076 Y EIF1AY 10167 34 3e-06 0.001 -0.1 22 GSTT1 7647 35 4e-06 0.001 0.24 7 DPP6 5709 36 5e-06 0.002 -0.096 11 IFITM1 12214 37 5e-06 0.002 0.088 1 CDC2L2 3306 38 6e-06 0.002 0.1 21 SH3BGR 6073 39 6e-06 0.002 -0.097 20 ATP9A 5862 40 9e-06 0.003 -0.13 10 SNCG 6593	rank p BH beta chrom sym index 1 1e-17 2e-13 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 4e-11 2e-07 0.3 Y KDM5D 7630 3 6e-10 3e-06 -0.19 X RPS4X 4662 4 4e-09 1e-05 0.18 X Y CD99 11219 5 8e-08 2e-04 0.64 Y DDX3Y 8410 6 9e-08 2e-04 -0.27 X XIST 8501 7 2e-07 4e-04 0.26 Y USP9Y 5916 8 5e-07 7e-04 0.13 Y TTTY15 6357 9 7e-07 9e-04 0.2 3 RHOA 7354 10 9e-07 0.001 0.13 X Y SLC25A6 10510 11 3e-06 0.003 0.17 X Y SLC25A6 10509 12 3e-06 0.003 0.11 Y CYorf15B 8235 13 3e-06 0.003 0.21 Y UTY 4494 14 1e-05 0.01 0.12 16nomo1 NA 3421 15 3e-05 0.02 -0.12 X DDX3X 9812 16 3e-05 0.02 -0.15 1 PDE4DIP 3370 17 5e-05 0.04 -0.59 11 HBB 1676 18 6e-05 0.04 -0.61 11 HBB 2045 19 9e-05 0.06 -0.091 11hbg NA 8641 20 1e-04 0.06 0.099 X Y ASMTL 6591 21 1e-04 0.07 -0.55 16hba1 NA 1513 22 1e-04 0.07 0.15 X NA 6403 23 1e-04 0.07 -0.13 22 GSTT1 7266 24 1e-04 0.07 0.096 X Y GTPBP6 11189 25 1e-04 0.08 0.091 X NA 12506 26 3e-04 0.2 -0.097 7 POLD2 508 27 4e-04 0.2 0.17 5 SLC1A3 6648 28 5e-04 0.2 0.08 Y NLGN4Y 2932 29 5e-04 0.2 0.14 16 CRYM 8339 30 5e-04 0.2 0.076 Y EIF1AY 10167 31 6e-04 0.3 -0.059 X EIF2S3 295 32 7e-04 0.3 0.085 X Y ASMTL 6592 33 9e-04 0.3 0.063 6 HBS1L 4252 34 0.001 0.4 -0.1 22 GSTT1 7647 35 0.001 0.4 -0.14 7 CNTNAP2 7198 36 0.001 0.4 0.073 X Y ZBED1 9230 37 0.001 0.4 0.088 1 CDC2L2 3306 38 0.001 0.4 -0.096 11 IFITM1 12214 39 0.001 0.4 0.14 3 GAP43 7763 40 0.001 0.4 0.1 21 SH3BGR 6073	rank p BH beta chrom sym index 1 3e-21 4e-17 1.1 Y RPS4Y1 11296 2 9e-13 6e-09 0.3 Y KDM5D 7630 3 1e-10 4e-07 -0.19 X RPS4X 4662 4 8e-10 3e-06 0.18 X Y CD99 11219 5 3e-09 8e-06 0.64 Y DDX3Y 8410 6 7e-09 2e-05 -0.27 X XIST 8501 7 2e-08 4e-05 0.26 Y USP9Y 5916 8 1e-07 2e-04 0.2 3 RHOA 7354 9 3e-07 4e-04 0.13 Y TTTY15 6357 10 4e-07 5e-04 0.13 X Y SLC25A6 10510 11 6e-07 7e-04 0.21 Y UTY 4494 12 7e-07 8e-04 0.17 X Y SLC25A6 10509 13 3e-06 0.003 0.11 Y CYorf15B 8235 14 6e-06 0.006 0.12 16nomo1 NA 3421 15 8e-06 0.006 -0.59 11 HBB 1676 16 8e-06 0.007 -0.15 1 PDE4DIP 3370 17 9e-06 0.007 -0.61 11 HBB 2045 18 1e-05 0.008 -0.12 X DDX3X 9812 19 2e-05 0.01 -0.55 16hba1 NA 1513 20 4e-05 0.02 0.15 X NA 6403 21 5e-05 0.03 -0.13 22 GSTT1 7266 22 7e-05 0.04 0.099 X Y ASMTL 6591 23 8e-05 0.04 -0.091 11hbg NA 8641 24 9e-05 0.05 0.096 X Y GTPBP6 11189 25 1e-04 0.06 0.091 X NA 12506 26 1e-04 0.07 0.17 5 SLC1A3 6648 27 2e-04 0.09 0.14 16 CRYM 8339 28 2e-04 0.1 -0.097 7 POLD2 508 29 4e-04 0.2 0.08 Y NLGN4Y 2932 30 4e-04 0.2 -0.14 7 CNTNAP2 7198 31 5e-04 0.2 0.085 X Y ASMTL 6592 32 5e-04 0.2 0.14 3 GAP43 7763 33 6e-04 0.2 0.076 Y EIF1AY 10167 34 6e-04 0.2 -0.1 22 GSTT1 7647 35 7e-04 0.2 0.24 7 DPP6 5709 36 7e-04 0.3 -0.096 11 IFITM1 12214 37 8e-04 0.3 0.088 1 CDC2L2 3306 38 8e-04 0.3 0.1 21 SH3BGR 6073 39 9e-04 0.3 -0.097 20 ATP9A 5862 40 0.001 0.3 -0.13 10 SNCG 6593	rank p BH beta chrom sym index 1 4e-21 5e-17 -0.19 X RPS4X 4662 2 8e-18 4e-14 1.1 Y RPS4Y1 11296 3 9e-18 4e-14 0.18 X Y CD99 11219 4 3e-15 8e-12 0.13 Y TTTY15 6357 5 1e-14 3e-11 0.3 Y KDM5D 7630 6 2e-12 5e-09 0.11 Y CYorf15B 8235 7 8e-11 1e-07 0.13 X Y SLC25A6 10510 8 1e-08 2e-05 -0.091 11hbg NA 8641 9 2e-08 3e-05 0.091 X NA 12506 10 3e-08 4e-05 0.2 3 RHOA 7354 11 4e-08 5e-05 0.12 16nomo1 NA 3421 12 5e-08 6e-05 -0.12 X DDX3X 9812 13 1e-07 1e-04 0.096 X Y GTPBP6 11189 14 5e-07 4e-04 0.08 Y NLGN4Y 2932 15 8e-07 7e-04 0.076 Y EIF1AY 10167 16 1e-06 8e-04 0.099 X Y ASMTL 6591 17 1e-06 8e-04 0.17 X Y SLC25A6 10509 18 4e-06 0.003 0.073 X Y ZBED1 9230 19 4e-06 0.003 -0.059 X EIF2S3 295 20 6e-06 0.004 0.063 6 HBS1L 4252 21 8e-06 0.005 0.085 X Y ASMTL 6592 22 9e-06 0.005 0.21 Y UTY 4494 23 1e-05 0.005 -0.097 7 POLD2 508 24 1e-05 0.006 -0.27 X XIST 8501 25 1e-05 0.006 -0.13 22 GSTT1 7266 26 2e-05 0.009 -0.15 1 PDE4DIP 3370 27 3e-05 0.01 -0.061 1 FDPS 7370 28 3e-05 0.01 0.26 Y USP9Y 5916 29 3e-05 0.01 -0.06 X USP9X 2570 30 4e-05 0.02 0.053 13 UCHL3 7288 31 7e-05 0.03 0.063 Y PRKY 10100 32 7e-05 0.03 0.088 1 CDC2L2 3306 33 7e-05 0.03 -0.065 19 ZNF146 6970 34 7e-05 0.03 0.062 19 TNNT1 6147 35 9e-05 0.03 0.055 12 NDUFA9 6240 36 1e-04 0.03 0.15 X NA 6403 37 1e-04 0.03 0.054 3 ITIH4 7245 38 1e-04 0.03 -0.057 22 XBP1 9824 39 1e-04 0.04 -0.06 1 TNFRSF1B 3824 40 1e-04 0.04 0.067 13 UPF3A 9193

Projection Plot Table

Factor Projection Plots

  Rows 1 2 3 4

  Columns 1 2 3 4 5

1	2	3	4	5